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万見
- PDB-2pps: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER AND CORE ANTENNA SYSTEM (TRIMERIC)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pps
タイトルPHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER AND CORE ANTENNA SYSTEM (TRIMERIC), ALPHA CARBON ONLY
要素(PHOTOSYSTEM I) x 6
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER / OXYGENIC PHOTOSYNTHESIS / CORE-ANTENNA LIGHT-HARVESTING SYSTEM / THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM / HELIX-BUNDLE MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性CHLOROPHYLL A / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER
機能・相同性情報
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Krauss, N. / Schubert, W.-D. / Klukas, O. / Fromme, P. / Witt, H.T. / Saenger, W.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Photosystem I at 4 A resolution represents the first structural model of a joint photosynthetic reaction centre and core antenna system.
著者: Krauss, N. / Schubert, W.D. / Klukas, O. / Fromme, P. / Witt, H.T. / Saenger, W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Photosystem I of Synechococcus Elongatus at 4 A Resolution: Comprehensive Structure Analysis
著者: Schubert, W.D. / Klukas, O. / Krauss, N. / Saenger, W. / Fromme, P. / Witt, H.T.
#2: ジャーナル: Photosynthesis : From Light to Biosphere : Proceedings of the Xth International Photosynthesis Congress, Montpellier, France, 20-25 August 1995
年: 1995
タイトル: Present State of the Crystal Structure Analysis of Photosystem I at 4.5 A Resolution
著者: Schubert, W.D. / Klukas, O. / Krauss, N. / Saenger, W. / Fromme, P. / Witt, H.T.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Three-Dimensional Structure of System I of Photosynthesis at 6A Resolution,
著者: Krauss, N. / Hinrichs, W. / Witt, I. / Fromme, P. / Pritzkow, W. / Dauter, Z. / Betzel, C. / Wilson, K.S. / Witt, H.T. / Saenger, W.
#4: ジャーナル: Ber.Bunsenges.Phys.Chem. / 年: 1988
タイトル: X-Ray Characterization of Single Crystals of the Reaction Center I of Water Splitting Photosynthesis
著者: Witt, I. / Witt, H.T. / Di Fiore, D. / Rogner, M. / Hinrichs, W. / Saenger, W. / Granzin, J. / Betzel, C. / Dauter, Z.
履歴
登録1997年5月27日処理サイト: BNL
置き換え1998年5月27日ID: 1PPS
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_validate_chiral / software / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOTOSYSTEM I
B: PHOTOSYSTEM I
L: PHOTOSYSTEM I
K: PHOTOSYSTEM I
F: PHOTOSYSTEM I
C: PHOTOSYSTEM I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,38899
ポリマ－116,3616
非ポリマー81,02693
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)286.000, 286.000, 167.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 6種, 6分子 ABLKFC

#1: タンパク質 PHOTOSYSTEM I / PSI / SYSTEM I OF OXYGENIC PHOTOSYNTHESIS / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 40698.164 Da / 分子数: 1
断片: THE PSI-PROTOMER IS A COMPLEX OF PSAA, PSAB, PSAC, PSAD, PSAE, PSAF, PSAI, PSAJ, PSAK, PSAL, PSAM
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 細胞内の位置: THYLAKOID MEMBRANE
#2: タンパク質 PHOTOSYSTEM I / PSI / SYSTEM I OF OXYGENIC PHOTOSYNTHESIS / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 42825.812 Da / 分子数: 1
断片: THE PSI-PROTOMER IS A COMPLEX OF PSAA, PSAB, PSAC, PSAD, PSAE, PSAF, PSAI, PSAJ, PSAK, PSAL, PSAM
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 細胞内の位置: THYLAKOID MEMBRANE
#3: タンパク質 PHOTOSYSTEM I / PSI / SYSTEM I OF OXYGENIC PHOTOSYNTHESIS / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9464.658 Da / 分子数: 1
断片: THE PSI-PROTOMER IS A COMPLEX OF PSAA, PSAB, PSAC, PSAD, PSAE, PSAF, PSAI, PSAJ, PSAK, PSAL, PSAM
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 細胞内の位置: THYLAKOID MEMBRANE
#4: タンパク質 PHOTOSYSTEM I / PSI / SYSTEM I OF OXYGENIC PHOTOSYNTHESIS / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 5464.728 Da / 分子数: 1
断片: THE PSI-PROTOMER IS A COMPLEX OF PSAA, PSAB, PSAC, PSAD, PSAE, PSAF, PSAI, PSAJ, PSAK, PSAL, PSAM
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 細胞内の位置: THYLAKOID MEMBRANE
#5: タンパク質 PHOTOSYSTEM I / PSI / SYSTEM I OF OXYGENIC PHOTOSYNTHESIS / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11081.651 Da / 分子数: 1
断片: THE PSI-PROTOMER IS A COMPLEX OF PSAA, PSAB, PSAC, PSAD, PSAE, PSAF, PSAI, PSAJ, PSAK, PSAL, PSAM
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 細胞内の位置: THYLAKOID MEMBRANE
#6: タンパク質 PHOTOSYSTEM I / PSI / SYSTEM I OF OXYGENIC PHOTOSYNTHESIS / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6826.406 Da / 分子数: 1
断片: THE PSI-PROTOMER IS A COMPLEX OF PSAA, PSAB, PSAC, PSAD, PSAE, PSAF, PSAI, PSAJ, PSAK, PSAL, PSAM
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 細胞内の位置: THYLAKOID MEMBRANE

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非ポリマー , 3種, 93分子

#7: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#8: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE


分子量: 450.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#9: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

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詳細

構成要素の詳細CHAIN A COMPRISES ONE OF THE TWO LARGE, CENTRAL, MEMBRANE INTEGRAL SUBUNITS OF THE REACTION CENTER ...CHAIN A COMPRISES ONE OF THE TWO LARGE, CENTRAL, MEMBRANE INTEGRAL SUBUNITS OF THE REACTION CENTER OF PSI - EITHER PSAA OR PSAB. CHAIN B COMPRISES THE SECOND OF THE TWO LARGE, CENTRAL, MEMBRANE INTEGRAL SUBUNITS OF THE REACTION CENTER OF PSI - EITHER PSAB OR PSAA. CHAIN C COMPRISES THE MODEL OF THE STROMAL EXTRINSIC SUBUNIT OF PSI - PSAC. CHAIN F COMPRISES THOSE SECTIONS OF THE PRESENT MODEL LOCATED DISTAL TO THE TRIMERIZATION DOMAIN - PRESUMABLY SUBUNITS PSAF AND PSAJ, POSSIBLY PSAM. CHAIN L COMPRISES THOSE SECTIONS OF THE PRESENT STRUCTURE MODEL IN CLOSE PROXIMITY TO THE TRIMERIZATION DOMAIN - PROBABLY SUBUNITS PSAI AND PSAL. CHAIN K COMPRISES SUBUNIT PSAK.
非ポリマーの詳細THE ATOM NAMING OF THE CHLOROPHYLL MOLECULES IS ARBITRARY IN THE SENSE THAT THE AUTHORS DO NOT WISH ...THE ATOM NAMING OF THE CHLOROPHYLL MOLECULES IS ARBITRARY IN THE SENSE THAT THE AUTHORS DO NOT WISH TO IMPLY WHICH PYRROLE RING IS ADJACENT TO THE EXTRACYCLIC RING FIVE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 80 %
結晶化pH: 6.4
詳細: PROTEIN CONCENTRATION:80 MG/ML METHOD: MICRODIALYSIS BUFFER: 0.02% BETA-DODECYLMALTOSIDE, 5 MM MES, PH 6.4
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
180 mg/mlprotein11
310 mM11MgSO4
2MES11

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データ収集

回折平均測定温度: 279 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.92
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年7月1日 / 詳細: FLAT SEGMENTED MIRROR
放射モノクロメーター: BENT CYLINDRICAL GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.85→34.9 Å / Num. obs: 69153 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3.85→3.95 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.173 / % possible all: 81.3
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.3 % / Rmerge(I) obs: 0.173

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
MOSFLMデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 最高解像度: 4 Å
詳細: MODEL STRUCTURE IS BASED ON 4.0 ANGSTROM MIR MAP. THERE WAS NO REFINEMENT DUE TO LIMITED RESOLUTION.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1366 0 2250 0 3616

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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