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万見
- PDB-1kac: KNOB DOMAIN FROM ADENOVIRUS SEROTYPE 12 IN COMPLEX WITH DOMAIN 1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kac
タイトルKNOB DOMAIN FROM ADENOVIRUS SEROTYPE 12 IN COMPLEX WITH DOMAIN 1 OF ITS CELLULAR RECEPTOR CAR
要素
  • PROTEIN (COXSACKIE VIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR)
  • PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)
キーワードViral protein/receptor / ADHESION PROTEIN RECEPTOR COMPLEX / VIRAL PROTEIN-RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / AV node cell to bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / epithelial structure maintenance / regulation of AV node cell action potential / gamma-delta T cell activation / apicolateral plasma membrane / germ cell migration / transepithelial transport ...AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / AV node cell to bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / epithelial structure maintenance / regulation of AV node cell action potential / gamma-delta T cell activation / apicolateral plasma membrane / germ cell migration / transepithelial transport / cell-cell junction organization / connexin binding / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / cardiac muscle cell development / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / intercalated disc / bicellular tight junction / cell adhesion molecule binding / neutrophil chemotaxis / acrosomal vesicle / PDZ domain binding / Cell surface interactions at the vascular wall / filopodium / adherens junction / mitochondrion organization / neuromuscular junction / beta-catenin binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / cell junction / viral capsid / cell-cell junction / heart development / virus receptor activity / cell body / actin cytoskeleton organization / growth cone / basolateral plasma membrane / defense response to virus / neuron projection / cell adhesion / membrane raft / symbiont entry into host cell / signaling receptor binding / host cell nucleus / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain ...: / Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fiber protein / Coxsackievirus and adenovirus receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 12 (ヒトアデノウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bewley, M.C. / Springer, K. / Zhang, Y.B. / Freimuth, P. / Flanagan, J.M.
引用ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: Structural analysis of the mechanism of adenovirus binding to its human cellular receptor, CAR.
著者: Bewley, M.C. / Springer, K. / Zhang, Y.B. / Freimuth, P. / Flanagan, J.M.
履歴
登録1999年5月5日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)
B: PROTEIN (COXSACKIE VIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5852
ポリマ－33,5852
非ポリマー00
水1,26170
1
A: PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)
B: PROTEIN (COXSACKIE VIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR)

A: PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)
B: PROTEIN (COXSACKIE VIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR)

A: PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)
B: PROTEIN (COXSACKIE VIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7556
ポリマ－100,7556
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_665-z+3/2,-x+1,y+1/21
crystal symmetry operation10_646-y+1,z-1/2,-x+3/21
単位格子
Length a, b, c (Å)167.850, 167.850, 167.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)


分子量: 19944.477 Da / 分子数: 1 / 断片: KNOB / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 12 (ヒトアデノウイルス)
属: Mastadenovirus / 生物種: Human adenovirus A / Variant: SEROTYPE 12 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 / 参照: UniProt: P36711
#2: タンパク質 PROTEIN (COXSACKIE VIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR)


分子量: 13640.500 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78310
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 78 %
結晶化pH: 6.2 / 詳細: 900MM AMMONIUM SULPHATE ON 100MM MES, PH 6.2
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.9 Mammonium sulfate1reservoir
2100 mMMES1reservoirpH6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 99 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 24636 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / % possible all: 100
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Mean I/σ(I) obs: 6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
AMoRE位相決定
CNS5精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.6→20 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 739 2.9 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 24601 96.8 %-
溶媒の処理Bsol: 61 Å2 / ksol: 0.43 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2360 0 0 70 2430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 2.9 % / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rfree: 0.25 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 44.9 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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