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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k8g | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the N-terminal domain of Oxytricha nova telomere end binding protein alpha subunit both uncomplexed and complexed with telomeric ssDNA | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA Complex / telomeres / sequence specific ssDNA binding protein / OB folds / protein single strand DNA interactions / 3'-DNA end binding protein / telomere end binding protein / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() telomere cap complex / telomerase inhibitor activity / regulation of telomere maintenance via telomerase / single-stranded telomeric DNA binding / nuclear telomere cap complex / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping / protein-containing complex 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Classen, S. / Ruggles, J.A. / Schultz, S.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of Oxytricha nova telomere end-binding protein alpha subunit both uncomplexed and complexed with telomeric ssDNA. 著者: Classen, S. / Ruggles, J.A. / Schultz, S.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 185.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 146.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1otcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1880.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質 | 分子量: 36360.074 Da / 分子数: 3 / Fragment: N-terminal 35kDa ssDNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: alanine version / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG4000, MES, Ammonium sulfate, DTT, Sodium Azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 35994 / Num. obs: 35994 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 38.8 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→30 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.71 / % possible all: 99.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 574134 / Rmerge(I) obs: 0.103 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.71 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: residues 37-320 of Oxytricha nova telomere end binding protein alpha subunit PDB accession 1OTC 解像度: 2.6→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 213150.48 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 立体化学のターゲット値: CNS automatically determined
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.7033 Å2 / ksol: 0.336706 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 35965 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 46.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / Rfactor Rfree: 0.393 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.328 / Rfactor obs: 0.339 |