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- PDB-1k7l: The 2.5 Angstrom resolution crystal structure of the human PPARal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k7l
タイトルThe 2.5 Angstrom resolution crystal structure of the human PPARalpha ligand binding domain bound with GW409544 and a co-activator peptide.
要素
  • Peroxisome proliferator activated receptor alpha
  • steroid receptor coactivator
キーワードTRANSCRIPTION / The 2.5 Angstrom resolution crystal structure of the human PPARalpha ligand binding domain bound with GW409544 and a coactivator peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular response to fructose stimulus / regulation of cellular ketone metabolic process / behavioral response to nicotine / negative regulation of appetite ...positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular response to fructose stimulus / regulation of cellular ketone metabolic process / behavioral response to nicotine / negative regulation of appetite / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / lipoprotein metabolic process / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / labyrinthine layer morphogenesis / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of female receptivity / negative regulation of sequestering of triglyceride / nuclear steroid receptor activity / DNA-binding transcription activator activity / hypothalamus development / positive regulation of fatty acid metabolic process / nitric oxide metabolic process / male mating behavior / positive regulation of ATP biosynthetic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / NFAT protein binding / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / estrous cycle / Synthesis of bile acids and bile salts / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / epidermis development / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / phosphatase binding / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of lipid biosynthetic process / nuclear retinoid X receptor binding / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / negative regulation of signaling receptor activity / Recycling of bile acids and salts / MDM2/MDM4 family protein binding / histone acetyltransferase / positive regulation of gluconeogenesis / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / negative regulation of blood pressure / lactation / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / cellular response to starvation / hormone-mediated signaling pathway / cerebellum development / response to nutrient / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / fatty acid metabolic process / gluconeogenesis / response to progesterone / hippocampus development / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / wound healing / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / response to insulin / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / regulation of circadian rhythm / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / transcription coactivator binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / male gonad development / Circadian Clock
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain ...Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-544 / YTTRIUM (III) ION / Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xu, H.E. / Lambert, M.H. / Montana, V.G. / Moore, L.B. / Collins, J.L. / Oplinger, J.A. / Kliewer, S.A. / Gampe Jr., R.T. / McKee, D.D. / Moore, J.T. / Willson, T.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Structural determinants of ligand binding selectivity between the peroxisome proliferator-activated receptors.
著者: Xu, H.E. / Lambert, M.H. / Montana, V.G. / Plunket, K.D. / Moore, L.B. / Collins, J.L. / Oplinger, J.A. / Kliewer, S.A. / Gampe Jr., R.T. / McKee, D.D. / Moore, J.T. / Willson, T.M.
履歴
登録2001年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.classification / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator activated receptor alpha
B: steroid receptor coactivator
C: Peroxisome proliferator activated receptor alpha
D: steroid receptor coactivator
E: Peroxisome proliferator activated receptor alpha
F: steroid receptor coactivator
G: Peroxisome proliferator activated receptor alpha
H: steroid receptor coactivator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,87114
ポリマ－140,6518
非ポリマー2,2206
水4,360242
1
A: Peroxisome proliferator activated receptor alpha
B: steroid receptor coactivator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6733
ポリマ－35,1632
非ポリマー5111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13320 Å2
手法PISA
2
C: Peroxisome proliferator activated receptor alpha
D: steroid receptor coactivator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7624
ポリマ－35,1632
非ポリマー5992
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13150 Å2
手法PISA
3
E: Peroxisome proliferator activated receptor alpha
F: steroid receptor coactivator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7624
ポリマ－35,1632
非ポリマー5992
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13120 Å2
手法PISA
4
G: Peroxisome proliferator activated receptor alpha
H: steroid receptor coactivator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6733
ポリマ－35,1632
非ポリマー5111
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.561, 121.597, 121.994
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Peroxisome proliferator activated receptor alpha / PPARalpha


分子量: 32731.014 Da / 分子数: 4 / 断片: ligand binding domain - residues 192 - 468 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: T7 promoter control plasmid / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) E.Coli / 参照: UniProt: Q07869
#2: タンパク質・ペプチド
steroid receptor coactivator


分子量: 2431.750 Da / 分子数: 4 / 断片: src-1 peptide / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthesized 21mer portion of the the human src-1 coactivator peptide.
参照: UniProt: O43792, UniProt: Q15788*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-544 / 2-(1-METHYL-3-OXO-3-PHENYL-PROPYLAMINO)-3-{4-[2-(5-METHYL-2-PHENYL-OXAZOL-4-YL)-ETHOXY]-PHENYL}-PROPIONIC ACID / GW409544 / GW-9544


分子量: 510.580 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H30N2O5
#4: 化合物 ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION


分子量: 88.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, NaNO3, hexanediol, YCl3, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMbis-Tris-propane1reservoirpH7.5
24-6 %PEG33501reservoir
3150 mM1reservoirNaNO3
416 %2,5-hexanediol1reservoir
51-3 mM1reservoirYCl3
6220 mMammonium acetate1drop
720 mMHEPES1droppH7.5
81 mMEDTA1drop
91 mMdithiothreitol1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 49991 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 52.8 Å2 / Rsym value: 0.054
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 5.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNX2000.1精密化
MAR345データ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.5→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 318526.64 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 4018 8.2 %RANDOM
Rwork0.247 ---
obs-48912 98.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.29 Å20 Å20 Å2
2---4.61 Å20 Å2
3----2.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8912 0 154 242 9308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.481.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.752
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.782.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 663 8.5 %
Rwork0.308 7106 -
obs--95 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3bsxpi3.xpl
X-RAY DIFFRACTION4y.para
X-RAY DIFFRACTION5544.xpl
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.247 / Rfactor Rfree: 0.285 / Rfactor Rwork: 0.247
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.55
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.89
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.365 / Rfactor Rwork: 0.308

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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