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- PDB-2npa: the crystal structure of the human PPARaplpha ligand binding doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2npa
タイトルthe crystal structure of the human PPARaplpha ligand binding domain in complex with a a-hydroxyimino phenylpropanoic acid
要素
  • Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
  • SRC- peptide from Nuclear receptor coactivator 1
キーワードTRANSCRIPTION / protein-agonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / cellular response to fructose stimulus / regulation of ketone metabolic process / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / negative regulation of appetite / negative regulation of hepatocyte apoptotic process ...positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / cellular response to fructose stimulus / regulation of ketone metabolic process / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / negative regulation of appetite / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / lipoprotein metabolic process / positive regulation of fatty acid oxidation / behavioral response to nicotine / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / negative regulation of glycolytic process / ubiquitin conjugating enzyme binding / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / male mating behavior / DNA-binding transcription activator activity / NFAT protein binding / negative regulation of cholesterol storage / hypothalamus development / positive regulation of ATP biosynthetic process / nuclear steroid receptor activity / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / Synthesis of bile acids and bile salts / progesterone receptor signaling pathway / epidermis development / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / nuclear retinoid X receptor binding / phosphatase binding / estrous cycle / positive regulation of lipid biosynthetic process / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / histone acetyltransferase activity / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of blood pressure / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / nitric oxide metabolic process / hormone-mediated signaling pathway / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / : / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / response to nutrient / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / MDM2/MDM4 family protein binding / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of gluconeogenesis / positive regulation of neuron differentiation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / cerebellum development / cellular response to starvation / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / gluconeogenesis / hippocampus development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / mRNA transcription by RNA polymerase II / circadian regulation of gene expression / fatty acid metabolic process / wound healing / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / response to insulin / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription coactivator binding / male gonad development / nuclear receptor activity
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain ...Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / : / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MMB / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kim, K.H. / Chung, H.K. / Han, H.O. / Kim, S.H. / Koh, J.S. / Kim, G.T.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007
タイトル: Design and synthesis of oxime ethers of alpha-acyl-beta-phenylpropanoic acids as PPAR dual agonists
著者: Han, H.O. / Kim, S.H. / Kim, K.H. / Hur, G.C. / Yim, H.J. / Chung, H.K. / Woo, S.H. / Koo, K.D. / Lee, C.S. / Koh, J.S. / Kim, G.T.
履歴
登録2006年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
B: SRC- peptide from Nuclear receptor coactivator 1
C: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
D: SRC- peptide from Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5976
ポリマ－64,7244
非ポリマー8732
水5,062281
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
B: SRC- peptide from Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7983
ポリマ－32,3622
非ポリマー4371
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
D: SRC- peptide from Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7983
ポリマ－32,3622
非ポリマー4371
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.909, 100.074, 61.311
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / PPAR-alpha


分子量: 30513.596 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q07869
#2: タンパク質・ペプチド SRC- peptide from Nuclear receptor coactivator 1 / SRC- peptide from steroid receptor coactivator


分子量: 1848.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: chemically synthesized 21 mer portion of the human SRC-1
参照: UniProt: Q2T9G5, UniProt: Q15788*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-MMB / (2R,3E)-2-{4-[(5-METHYL-2-PHENYL-1,3-OXAZOL-4-YL)METHOXY]BENZYL}-3-(PROPOXYIMINO)BUTANOIC ACID / (R,E)-2-(4-((5-METHYL-2-PHENYLOXAZOL-4-YL)METHOXY)BENZYL)-3-(PROPOXYIMINO)BUTANOIC ACID


分子量: 436.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H28N2O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.98 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 6% PEG 10K. 0.1M Hepes, 6% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 31665 / Num. obs: 29916 / % possible obs: 95.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.434 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.340.37615121.1697.4
2.34-2.380.3115341.17698.5
2.38-2.430.28315481.19398.9
2.43-2.480.22815111.10698.8
2.48-2.530.21915221.29597.9
2.53-2.590.20415281.26498.4
2.59-2.650.1815191.31998.2
2.65-2.730.14515101.42797.5
2.73-2.810.12515071.52997.4
2.81-2.90.11515221.70997.7
2.9-30.09715091.69496.6
3-3.120.08514991.65696.9
3.12-3.260.07715071.77496
3.26-3.430.06614911.83395.5
3.43-3.650.06214871.9395.8
3.65-3.930.05614731.7894.1
3.93-4.320.04814681.55893.4
4.32-4.930.04514481.32592.8
4.93-6.180.04114541.0891.8
6.18-200.0313670.79585.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K7L

1k7l


解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 2323 7.3 %RANDOM
Rwork0.22 ---
all-31665 --
obs-29052 91.7 %-
溶媒の処理Bsol: 52.306 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 46.979 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.972 Å20 Å24.416 Å2
2---0.694 Å20 Å2
3---2.666 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4452 0 64 281 4797
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2258.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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