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万見
- PDB-1k5j: The Crystal Structure of Nucleoplasmin-Core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k5j
タイトルThe Crystal Structure of Nucleoplasmin-Core
要素Nucleoplasmin Core
キーワードCHAPERONE / beta-barrel / jellyroll / beta-bulge / pentamer
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm DNA decondensation / histone chaperone activity / importin-alpha family protein binding / nucleosome binding / positive regulation of DNA replication / histone binding / chromatin remodeling / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoplasmin core domain / Nucleoplasmin core domain / Nucleoplasmin core domain superfamily / Nucleoplasmin/nucleophosmin domain / Nucleoplasmin family / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Dutta, S. / Akey, I.V. / Dingwall, C. / Hartman, K.L. / Laue, T. / Nolte, R.T. / Head, J.F. / Akey, C.W.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: The crystal structure of nucleoplasmin-core: implications for histone binding and nucleosome assembly.
著者: Dutta, S. / Akey, I.V. / Dingwall, C. / Hartman, K.L. / Laue, T. / Nolte, R.T. / Head, J.F. / Akey, C.W.
履歴
登録2001年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoplasmin Core
B: Nucleoplasmin Core
C: Nucleoplasmin Core
D: Nucleoplasmin Core
E: Nucleoplasmin Core


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7635
ポリマ－68,7635
非ポリマー00
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8500 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area18380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.700, 67.100, 101.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Nucleoplasmin Core


分子量: 13752.683 Da / 分子数: 5 / 断片: Nucleoplasmin core / 変異: D27N, N61H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: Nucleoplasmin / プラスミド: pRK172 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05221
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES, magnesium chloride, PEG-400, 2-propanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
117 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES1reservoir
30.2 M1reservoirMgCl2
45 %PEG4001reservoir
522-27 %2-propanol1reservoir
620 %ethylene glycol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1998年1月18日
放射モノクロメーター: Double Crystal SAGITALLY FOCUSED Si(111)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→90 Å / Num. all: 33535 / Num. obs: 30584 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.28→2.37 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 94.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 250956
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 4.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2516 1373 random
Rwork0.2189 --
all0.251 29400 -
obs0.251 27856 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3480 0 0 147 3627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.019
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 217 -
Rwork0.262 --
obs-4103 89.1 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 500 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.219
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.38
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.286 / Rfactor Rwork: 0.262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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