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万見
- PDB-1k4w: X-ray structure of the orphan nuclear receptor ROR beta ligand-bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k4w
タイトルX-ray structure of the orphan nuclear receptor ROR beta ligand-binding domain in the active conformation
要素
  • Nuclear receptor ROR-beta
  • steroid receptor coactivator-1
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / ligand-binding domain / alpha-helical sandwich / transcriptionally active conformation / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


retinal rod cell development / melatonin receptor activity / amacrine cell differentiation / retinal rod cell differentiation / retinal cone cell development / Nuclear Receptor transcription pathway / eye photoreceptor cell development / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway ...retinal rod cell development / melatonin receptor activity / amacrine cell differentiation / retinal rod cell differentiation / retinal cone cell development / Nuclear Receptor transcription pathway / eye photoreceptor cell development / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / hypothalamus development / male mating behavior / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / negative regulation of osteoblast differentiation / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / progesterone receptor signaling pathway / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cellular response to hormone stimulus / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / estrous cycle / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / cellular response to retinoic acid / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / response to hormone / : / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / visual perception / positive regulation of neuron differentiation / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / hippocampus development / response to progesterone / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear estrogen receptor binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / circadian rhythm / male gonad development / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / response to estradiol / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / retina development in camera-type eye / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
STEARIC ACID / : / Nuclear receptor ROR-beta / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Stehlin, C. / Wurtz, J.M. / Steinmetz, A. / Greiner, E. / Schuele, R. / Moras, D. / Renaud, J.P.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: X-ray structure of the orphan nuclear receptor RORbeta ligand-binding domain in the active conformation.
著者: Stehlin, C. / Wurtz, J.M. / Steinmetz, A. / Greiner, E. / Schule, R. / Moras, D. / Renaud, J.P.
#1: ジャーナル: Hormones and Signaling / 年: 1998
タイトル: Nuclear orphan receptors: the search for novel ligands and signaling pathways
著者: Willy, P.J. / Mangelsdorf, D.J.
#2: ジャーナル: Endocr.Rev. / 年: 1999
タイトル: Orphan Nuclear Receptors: from Gene to Function
著者: Giguere, V.
#3: ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2000
タイトル: Structural Studies on Nuclear Receptors
著者: Renaud, J.P. / Moras, D.
履歴
登録2001年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年7月21日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: refine / struct_site
Item: _refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-beta
B: steroid receptor coactivator-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9623
ポリマ－30,6782
非ポリマー2841
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.302, 58.489, 106.036
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-beta / Nuclear receptor RZR-beta


分子量: 28901.463 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: NR1F2 / プラスミド: pET-15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P45446
#2: タンパク質・ペプチド steroid receptor coactivator-1


分子量: 1776.072 Da / 分子数: 1 / 断片: second NR-box / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence of the protein was chemically synthesized. This sequence occurs naturally in humans.
参照: GenBank: 1906028, UniProt: Q15788*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸


分子量: 284.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 6000, NaCl, Tris.HCl, CHAPS, DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
215 %PEG60001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月6日 / 詳細: Ge(220) focusing
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 28901 / Num. obs: 28901 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 29.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 2837 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.036
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.231

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2LBD

2lbd


解像度: 1.9→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / σ(I): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2494 2372 9.9 %random
Rwork0.2238 ---
all-26336 --
obs-23854 90.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2066 0 20 137 2223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.282
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.91 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1945 34 9.7 %
Rwork0.2048 --
obs-349 -
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.224 / Rfactor Rfree: 0.2494 / Rfactor Rwork: 0.2238
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.1945 / Rfactor Rwork: 0.2048

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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