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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k47 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Streptococcus pneumoniae Phosphomevalonate Kinase (PMK) | ||||||
![]() | phosphomevalonate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Alpha/beta single domain belonging to the GHMP kinase superfamily / MvaK2 / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphomevalonate kinase / phosphomevalonate kinase activity / farnesyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / ergosterol biosynthetic process / peroxisome / phosphorylation / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Romanowski, M.J. / Bonanno, J.B. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the Streptococcus pneumoniae phosphomevalonate kinase, a member of the GHMP kinase superfamily. 著者: Romanowski, M.J. / Bonanno, J.B. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 383.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 327 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 484.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 543.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 81.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 111.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The protein is a monomer in solution and crystallizes as a hexameric asymetric unit of 3/222 noncrystallographic symmetry |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37706.867 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Streptococcus pneumoniae / 株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: mvaK2 / プラスミド: pGEX6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: sodium dihydrogen phosphate, potassium dihydrogen phosphate, HEPES, ATP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月28日 / 詳細: 27-pole hybrid wiggler and vertical focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: double Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 202265 / Num. obs: 198856 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 24.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 18706 / Rsym value: 0.409 / % possible all: 92.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 103387 / Num. measured all: 3616027 / Rmerge(I) obs: 0.082 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.4 % / Rmerge(I) obs: 0.409 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Single anomalous scattering / 解像度: 2.42→20 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: anomalous scattering correction applied for 48 Se sites
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原子変位パラメータ |
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.42→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 9.2 % / Rfactor all: 0.217 / Rfactor obs: 0.215 / Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.215 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.312 / Rfactor Rwork: 0.305 / Rfactor obs: 0.305 |