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- PDB-1k47: Crystal Structure of the Streptococcus pneumoniae Phosphomevalona... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k47
タイトルCrystal Structure of the Streptococcus pneumoniae Phosphomevalonate Kinase (PMK)
要素phosphomevalonate kinase
キーワードTRANSFERASE / Alpha/beta single domain belonging to the GHMP kinase superfamily / MvaK2 / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphomevalonate kinase / phosphomevalonate kinase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphomevalonate kinase, bacteria / Phosphomevalonate kinase / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 ...Phosphomevalonate kinase, bacteria / Phosphomevalonate kinase / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Alpha-Beta Plaits / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
phosphomevalonate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Single anomalous scattering / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Romanowski, M.J. / Bonanno, J.B. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the Streptococcus pneumoniae phosphomevalonate kinase, a member of the GHMP kinase superfamily.
著者: Romanowski, M.J. / Bonanno, J.B. / Burley, S.K.
履歴
登録2001年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phosphomevalonate kinase
B: phosphomevalonate kinase
C: phosphomevalonate kinase
D: phosphomevalonate kinase
E: phosphomevalonate kinase
F: phosphomevalonate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,2416
ポリマ－226,2416
非ポリマー00
水14,034779
1
A: phosphomevalonate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7071
ポリマ－37,7071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: phosphomevalonate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7071
ポリマ－37,7071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: phosphomevalonate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7071
ポリマ－37,7071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: phosphomevalonate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7071
ポリマ－37,7071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: phosphomevalonate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7071
ポリマ－37,7071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: phosphomevalonate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7071
ポリマ－37,7071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)231.606, 231.606, 88.587
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
詳細The protein is a monomer in solution and crystallizes as a hexameric asymetric unit of 3/222 noncrystallographic symmetry

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要素

#1: タンパク質
phosphomevalonate kinase


分子量: 37706.867 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
生物種: Streptococcus pneumoniae / 株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: mvaK2 / プラスミド: pGEX6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8DR49, phosphomevalonate kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 779 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium dihydrogen phosphate, potassium dihydrogen phosphate, HEPES, ATP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
124 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1droppH7.0
3100 mM1dropKCl
43 mMdithiothreitol1drop
50.1 MHEPES1reservoirpH7.5
60.8 Msodium phosphate1reservoir
70.8 Mpotassium phosphate1reservoir
830 mMATP1reservoirunbuffered

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月28日 / 詳細: 27-pole hybrid wiggler and vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: double Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 202265 / Num. obs: 198856 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 18706 / Rsym value: 0.409 / % possible all: 92.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 103387 / Num. measured all: 3616027 / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.4 % / Rmerge(I) obs: 0.409

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SnB位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: Single anomalous scattering / 解像度: 2.42→20 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: anomalous scattering correction applied for 48 Se sites
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 18573 -random
Rwork0.215 ---
all0.217 192349 --
obs0.217 192349 95 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.528 Å2-5.718 Å20 Å2
2--1.528 Å20 Å2
3----3.055 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15000 0 0 779 15779
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0066
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.319
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.348
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.025
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.42-2.440.3122590.305X-RAY DIFFRACTION2983
8.67-200.2093680.172X-RAY DIFFRACTION4055
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 9.2 % / Rfactor all: 0.217 / Rfactor obs: 0.215 / Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.215
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.312 / Rfactor Rwork: 0.305 / Rfactor obs: 0.305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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