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- PDB-1k30: Crystal Structure Analysis of Squash (Cucurbita moschata) glycero... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k30
タイトルCrystal Structure Analysis of Squash (Cucurbita moschata) glycerol-3-phosphate (1)-acyltransferase
要素glycerol-3-phosphate acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Four-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


: / glycerol-3-phosphate 1-O-acyltransferase / glycerol-3-phosphate O-acyltransferase activity / phosphatidylglycerol biosynthetic process / CDP-diacylglycerol biosynthetic process / chloroplast stroma
類似検索 - 分子機能
Glycerol-3-phosphate acyltransferase, alpha helical bundle, N-terminal / Glycerol-3-phosphate (1)-acyltransferase / Glycerol-3-phosphate (1)-acyltransferase / Glycerol-3-phosphate O-acyltransferase, chloroplast / Glycerol-3-phosphate O-acyltransferase, alpha helical bundle, N-terminal / GPAT, N-terminal domain superfamily / Glycerol-3-phosphate acyltransferase N-terminal / Phospholipid/glycerol acyltransferase / Acyltransferase / Phosphate acyltransferases ...Glycerol-3-phosphate acyltransferase, alpha helical bundle, N-terminal / Glycerol-3-phosphate (1)-acyltransferase / Glycerol-3-phosphate (1)-acyltransferase / Glycerol-3-phosphate O-acyltransferase, chloroplast / Glycerol-3-phosphate O-acyltransferase, alpha helical bundle, N-terminal / GPAT, N-terminal domain superfamily / Glycerol-3-phosphate acyltransferase N-terminal / Phospholipid/glycerol acyltransferase / Acyltransferase / Phosphate acyltransferases / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycerol-3-phosphate acyltransferase ATS12, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Cucurbita moschata (ニホンカボチャ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Turnbull, A.P. / Rafferty, J.B. / Sedelnikova, S.E. / Slabas, A.R. / Schierer, T.P. / Kroon, J.T. / Simon, J.W. / Fawcett, T. / Nishida, I. / Murata, N. / Rice, D.W.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Analysis of the structure, substrate specificity, and mechanism of squash glycerol-3-phosphate (1)-acyltransferase.
著者: Turnbull, A.P. / Rafferty, J.B. / Sedelnikova, S.E. / Slabas, A.R. / Schierer, T.P. / Kroon, J.T. / Simon, J.W. / Fawcett, T. / Nishida, I. / Murata, N. / Rice, D.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the glycerol-3-phosphate 1-acyltransferase from squash (Cucurbita moschata).
著者: Turnbull, A.P. / Rafferty, J.B. / Sedelnikova, S.E. / Slabas, A.R. / Schierer, T.P. / Kroon, J.T. / Nishida, I. / Murata, N. / Simon, J.W. / Rice, D.W.
履歴
登録2001年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glycerol-3-phosphate acyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9691
ポリマ－40,9691
非ポリマー00
水8,521473
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.134, 65.098, 103.298
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 glycerol-3-phosphate acyltransferase / glycerol-3-phosphate (1)-acyltransferase / GPAT


分子量: 40968.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cucurbita moschata (ニホンカボチャ)
遺伝子: PLSB / プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P10349, glycerol-3-phosphate 1-O-acyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100mM citrate buffer, 100mM ammonium acetate, 10%(v/v) 2-propanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
114-25 %PEG40001reservoir
2100 mMcitrate1reservoir
3100 mMammonium acetate1reservoir
410 %(v/v)isopropanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54182 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54182 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→17 Å / Num. all: 32652 / Num. obs: 32652 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 2085 / % possible all: 95.9
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→17 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1612 -random
Rwork0.186 ---
all0.188 30309 --
obs0.188 30309 96.33 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2821 0 0 473 3294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.009
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.291 107
Rwork0.257 -
obs-2007
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 17 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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