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- PDB-1k2w: Crystal structure of sorbitol dehydrogenase from R. sphaeroides -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k2w
タイトルCrystal structure of sorbitol dehydrogenase from R. sphaeroides
要素SORBITOL DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / short-chain dehydrogenase / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


galactitol 2-dehydrogenase / galactitol 2-dehydrogenase activity / L-iditol 2-dehydrogenase / L-iditol 2-dehydrogenase (NAD+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sorbitol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Philippsen, A. / Schirmer, T. / Stetefeld, J.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of zinc-independent sorbitol dehydrogenase from Rhodobacter sphaeroides at 2.4 A resolution.
著者: Philippsen, A. / Schirmer, T. / Stein, M.A. / Giffhorn, F. / Stetefeld, J.
#1: ジャーナル: Microbiology (Reading, Engl.) / 年: 1995
タイトル: Polyol metabolism of Rhodobacter sphaeroides: biochemical characterization of a short-chain sorbitol dehydrogenase
著者: Schauder, S. / Schneider, K.H. / Giffhorn, F.
履歴
登録2001年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Advisory / Author supporting evidence
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52023年8月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SORBITOL DEHYDROGENASE
B: SORBITOL DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0822
ポリマ－54,0822
非ポリマー00
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
2
A: SORBITOL DEHYDROGENASE
B: SORBITOL DEHYDROGENASE

A: SORBITOL DEHYDROGENASE
B: SORBITOL DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1634
ポリマ－108,1634
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area12650 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area36240 Å2
手法PISA
3
A: SORBITOL DEHYDROGENASE

B: SORBITOL DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0822
ポリマ－54,0822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area2960 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area21480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.465, 67.465, 191.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細biological assembly is dimer according to sedimentation analysis

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要素

#1: タンパク質 SORBITOL DEHYDROGENASE / L-iditol 2-dehydrogenase / Polyol dehydrogenase


分子量: 27040.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59787, L-iditol 2-dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.91 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG4000, methanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
2100 mMMES1reservoirpH7.0
318-21 %PEG40001reservoir
46-11 %methanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 280 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 22993 / Num. obs: 21038 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / % possible all: 73.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.42 Å / 最低解像度: 2.57 Å / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 3.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータ削減
AMoRE位相決定
CNS1精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1GEG

1geg


解像度: 2.4→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1901 10 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all-19115 --
obs-17214 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3790 0 0 170 3960
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005871
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.14081
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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