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- PDB-1k1k: Structure of Mutant Human Carbonmonoxyhemoglobin C (beta E6K) at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k1k
タイトルStructure of Mutant Human Carbonmonoxyhemoglobin C (beta E6K) at 2.0 Angstrom Resolution in Phosphate Buffer.
要素
  • HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN
  • HEMOGLOBIN BETA CHAIN
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / mutant human hemoglobin C(betaE6K) / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Late endosomal microautophagy / Cytoprotection by HMOX1 / response to hydrogen peroxide / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dewan, J.C. / Taylor-Feeling, A. / Puius, Y.A. / Patskovska, L. / Patskovsky, Y. / Nagel, R.L. / Almo, S.C. / Hirsch, R.E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Structure of mutant human carbonmonoxyhemoglobin C (betaE6K) at 2.0 A resolution.
著者: Dewan, J.C. / Feeling-Taylor, A. / Puius, Y.A. / Patskovska, L. / Patskovsky, Y. / Nagel, R.L. / Almo, S.C. / Hirsch, R.E.
履歴
登録2001年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / software ...database_2 / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN
B: HEMOGLOBIN BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3306
ポリマ－31,0412
非ポリマー1,2894
水2,036113
1
A: HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN
B: HEMOGLOBIN BETA CHAIN
ヘテロ分子

A: HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN
B: HEMOGLOBIN BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,65912
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,5788
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)54.16, 54.16, 195.3
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the assymetric unit by the two fold axis: -y,-x,1/2-z.

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: erythrocyte / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 HEMOGLOBIN BETA CHAIN


分子量: 15890.265 Da / 分子数: 1 / Mutation: E6K / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: erythrocyte / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.66 %
結晶化温度: 310 K / 手法: batch method / pH: 7.35
詳細: potassium phosphate 1.75M, pH 7.35, batch method, temperature 310K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein11
21.75 Mpotassium phosphate11pH7.35

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS X1000 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年3月8日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→22.55 Å / Num. all: 19382 / Num. obs: 19382 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.38 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / Num. unique all: 2135 / % possible all: 85.16
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 22.5 Å / % possible obs: 94 % / Num. measured all: 84880

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
XDSデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HHO

1hho


解像度: 2→22.55 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
詳細: The side chain of beta K6 was added to the model in weak continuous density present at the 0.5 sigma level in a 2Fo-Fc map.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1906 -RANDOM
Rwork0.183 ---
all-19382 --
obs-19382 89.14 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→22.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2192 0 90 113 2395
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.123
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.82
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.898
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.2741.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.0762
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.0562
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.8032.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2-2.090.28732120.249213585.16
2.09-2.20.23991950.2304225290.12
2.2-2.340.25142550.218234892.7
2.34-2.520.2392400.2054237894.55
2.52-2.770.24992280.2015245295.93
2.77-3.170.26072420.1865251196.8
3.17-40.21532630.1501256198.09
4-22.550.22222710.1581274597.76
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramtophcsdx.pro
X-RAY DIFFRACTION2param19x.hemetoph19x.pro
X-RAY DIFFRACTION3tip3p.parametertoph19x.heme
X-RAY DIFFRACTION4tip3p.topology
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 22.5 Å / Rfactor Rfree: 0.238 / Rfactor Rwork: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.12
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.82
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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