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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jz6 | ||||||
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タイトル | E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE IN COMPLEX WITH GALACTO-TETRAZOLE | ||||||
![]() | Beta-Galactosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / TIM BARREL (ALPHA/BETA BARREL) / JELLY-ROLL BARREL / IMMUNOGLOBULIN / BETA SUPERSANDWICH | ||||||
機能・相同性 | ![]() alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / magnesium ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Juers, D.H. / Heightman, T.D. / Vasella, A. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Structural View of the Action of Escherichia Coli (Lacz) Beta-Galactosidase 著者: Juers, D.H. / Heightman, T.D. / Vasella, A. / McCarter, J.D. / Mackenzie, L. / Withers, S.G. / Matthews, B.W. #1: ![]() タイトル: High Resolution Structure of Beta-Galactosidase in a New Crystal Form Reveals Multiple Metal-Binding Sites and Provides a Structural Basis for Alpha-Complementation 著者: Juers, D.H. / Jacobson, R.H. / Wigley, D. / Zhang, X.J. / Huber, R.E. / Tronrud, D.E. / Matthews, B.W. #2: ![]() タイトル: Structural Comparisons of Tim Barrel Proteins Suggest Functional and Evolutionary Relationships between Beta-Galactosidase and Other Glycohydrolases 著者: Juers, D.H. / Huber, R.E. / Matthews, B.W. #3: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Beta-Galactosidase from E. Coli 著者: Jacobson, R.H. / Zhang, X.J. / Dubose, R.F. / Matthews, B.W. #4: ![]() タイトル: Crystallization of beta-galactosidase from Escherichia coli 著者: Jacobson, R.H. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 904.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 721.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 565.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 763.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 192.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 281.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1jynC ![]() 1jyvC ![]() 1jywC ![]() 1jyxC ![]() 1jz2C ![]() 1jz3C ![]() 1jz4C ![]() 1jz5C ![]() 1jz7C ![]() 1jz8C ![]() 4v44C ![]() 4v45C ![]() 1dp0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 116506.266 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 3107分子 ![](data/chem/img/GTZ.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-GTZ / ( #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ChemComp-DMS / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Bis-Tris, PEG 8000, MgCl2, NaCl, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 288K, pH 6.50 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法詳細: used macroseeding, Juers, D.H., (2000) Protein Sci., 9, 1685. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→17 Å / Num. all: 248629 / Num. obs: 248629 / % possible obs: 86.2 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 87.2 |
反射 | *PLUS % possible obs: 86 % / Rmerge(I) obs: 0.088 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1DP0 解像度: 2.1→17 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: TNT
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET PRINCIPLE / Bsol: 143 Å2 / ksol: 0.77 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→17 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.157 / Rfactor Rfree: 0.268 / Rfactor Rwork: 0.157 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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