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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v41 | |||||||||
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タイトル | E. COLI (LAC Z) BETA-GALACTOSIDASE (NCS CONSTRAINED MONOMER-MONOCLINIC) | |||||||||
![]() | BETA-GALACTOSIDASE | |||||||||
![]() | HYDROLASE / alpha/beta barrel / jelly roll barrel / fibronectin / beta supersandwich | |||||||||
機能・相同性 | ![]() alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / magnesium ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Juers, D.H. / Jacobson, R.H. / Wigley, D. / Zhang, X.J. / Huber, R.E. / Tronrud, D.E. / Matthews, B.W. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: High resolution refinement of beta-galactosidase in a new crystal form reveals multiple metal-binding sites and provides a structural basis for alpha-complementation. 著者: Juers, D.H. / Jacobson, R.H. / Wigley, D. / Zhang, X.J. / Huber, R.E. / Tronrud, D.E. / Matthews, B.W. #1: ![]() タイトル: Structural comparisons of TIM barrel proteins suggest functional and evolutionary relationships between beta-galactosidase and other glycohydrolases 著者: Juers, D.H. / Jacobson, R.H. / Wigley, D. / Zhang, X.J. / Huber, R.E. / Tronrud, D.E. / Matthews, B.W. #2: ![]() タイトル: Three-dimensional structure of beta-galactosidase from E. coli 著者: Juers, D.H. / Huber, R.E. / Matthews, B.W. #3: ![]() タイトル: Crystallization of beta-galactosidase from Escherichia coli 著者: Jacobson, R.H. / Zhang, X.J. / DuBose, R.F. / Matthews, B.W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 707.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 803 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 1 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 116699.641 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: PEG 8000, Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年3月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.5 Å / Num. all: 559917 / Num. obs: 559917 / % possible obs: 73 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 最高解像度: 2.5 Å / Isotropic thermal model: TNT / 立体化学のターゲット値: TNT
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET'S PRINCIPLE / Bsol: 625 Å2 / ksol: 0.98 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
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拘束条件 |
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