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- PDB-1jw6: Crystal Structure of the Complex of Concanavalin A and Hexapeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jw6
タイトルCrystal Structure of the Complex of Concanavalin A and Hexapeptide
要素
  • Concanavalin A
  • PROTEIN (6-MER)
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Complex with Hexapeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / : / PENTANEDIAL / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Zhang, Z. / Qian, M. / Huang, Q. / Jia, Y. / Tang, Y.
引用
ジャーナル: J.Protein Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the complex of concanavalin A and hexapeptide.
著者: Zhang, Z. / Qian, M. / Huang, Q. / Jia, Y. / Tang, Y. / Wang, K. / Cui, D. / Li, M.
#1: ジャーナル: J.PROTEIN CHEM. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of the Complex of Concanavalin A and Tripeptide
著者: Zhang, Z. / Qian, M. / Huang, Q. / Jia, Y. / Tang, Y. / Wang, K. / Cui, D. / Li, M.
履歴
登録2001年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_nat ...entity / entity_src_nat / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._entity.pdbx_description / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_ref_seq.ref_id
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin A
B: PROTEIN (6-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8006
ポリマ－26,5442
非ポリマー2554
水1,71195
1
A: Concanavalin A
B: PROTEIN (6-MER)
ヘテロ分子

A: Concanavalin A
B: PROTEIN (6-MER)
ヘテロ分子

A: Concanavalin A
B: PROTEIN (6-MER)
ヘテロ分子

A: Concanavalin A
B: PROTEIN (6-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,19924
ポリマ－106,1788
非ポリマー1,02116
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
2
A: Concanavalin A
ヘテロ分子

A: Concanavalin A
ヘテロ分子

A: Concanavalin A
ヘテロ分子

A: Concanavalin A
ヘテロ分子

B: PROTEIN (6-MER)

B: PROTEIN (6-MER)

B: PROTEIN (6-MER)

B: PROTEIN (6-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,19924
ポリマ－106,1788
非ポリマー1,02116
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_444x-1/2,y-1/2,z-1/21
crystal symmetry operation6_554-x+1/2,-y+1/2,z-1/21
crystal symmetry operation7_545-x+1/2,y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation8_455x-1/2,-y+1/2,-z+1/21
Buried area14610 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area34660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.36, 86.38, 89.25
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-594-

HOH

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Concanavalin A


分子量: 25622.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P02866
#2: タンパク質・ペプチド PROTEIN (6-MER)


分子量: 922.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence coming from polypeptide libery. / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 99分子

#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-PTD / PENTANEDIAL / グルタルアルデヒド


分子量: 100.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O2
#6: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.45
詳細: Sodium phosphate , pH 5.45, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.35 M1dropNaCl
20.01 MTris-HCl1drop
325 mg/mlprotein1drop
42.2 Msodium phosphate1drop
52.2 Msodium phosphate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→25 Å / Num. all: 17973 / Num. obs: 15289 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0527 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.93→2.02 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1961 / % possible all: 80.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 71922
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.51 Å / % possible obs: 80.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HQW

1hqw


解像度: 1.93→62.01 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1520 9.9 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.21 15289 87.1 %-
all-17573 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→62.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1875 0 13 95 1983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.55
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
1.93-2.050.2511890.256X-RAY DIFFRACTION1961
2.05-2.210.2482500.248X-RAY DIFFRACTION2186
2.21-2.430.2472600.229X-RAY DIFFRACTION2441
2.43-2.780.2413230.211X-RAY DIFFRACTION2541
2.78-3.510.2422940.177X-RAY DIFFRACTION2706
3.51-62.010.2352880.153X-RAY DIFFRACTION2557
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 1 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor all: 0.21 / Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rfree: 0.25 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.26
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.235 / Rfactor Rwork: 0.153

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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