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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jvv | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF RIBONUCLEASE A (RETRO-SOAKED FORM) | ||||||
要素 | RIBONUCLEASE A | ||||||
キーワード | HYDROLASE / PROTEIN DYNAMICS / PROTEIN STRUCTURE-FUNCTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Vitagliano, L. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2002 タイトル: Reversible Substrate-Induced Domain Motions in Ribonuclease A 著者: Vitagliano, L. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000 タイトル: Productive and Non-Productive Binding to Ribonuclease A: X-Ray Structure of Two Complexes with Uridylyl(2',5')Guanosine 著者: Vitagliano, L. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Binding of a substrate analog to a domain swapping protein: X-ray structure of the complex of bovine seminal ribonuclease with uridylyl(2',5')adenosine 著者: Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Riccio, A. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jvv.cif.gz | 59.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jvv.ent.gz | 44 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jvv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/1jvv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/1jvv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 4000, sodium citrate, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K. THE CRYSTAL WAS PREVIOUSLY SOAKED WITH 2'-CMP AND THEN RETRO-SOAKED BY WASHING OUT THE NUCLEOTIDE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2030B / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月22日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 29907 / Num. obs: 11257 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.086 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / % possible all: 87 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 89 % / Num. measured all: 29907 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1JVU 解像度: 2.2→8 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / Rfactor Rwork: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.26 |