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万見
- PDB-1jue: 1.8 A resolution structure of native lactococcus lactis dihydroor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jue
タイトル1.8 A resolution structure of native lactococcus lactis dihydroorotate dehydrogenase A
要素dihydroorotate dehydrogenase A
キーワードOXIDOREDUCTASE / HOMODIMER / ALPHA-BETA BARREL / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1 / Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2 / Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1A / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : ...Dihydroorotate dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1 / Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2 / Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1A / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Dihydroorotate dehydrogenase A (fumarate) / Dihydroorotate dehydrogenase A (fumarate)
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Norager, S. / Arent, S. / Bjornberg, O. / Ottosen, M. / Lo Leggio, L. / Jensen, K.F. / Larsen, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Lactococcus lactis dihydroorotate dehydrogenase A mutants reveal important facets of the enzymatic function
著者: Norager, S. / Arent, S. / Bjornberg, O. / Ottosen, M. / Lo Leggio, L. / Jensen, K.F. / Larsen, S.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Active Site of Dihydroorotate Dehydrogenase A from Lactococcus lactis Investigated by Chemical Modification and Mutagenesis
著者: Bjornberg, O. / Rowland, P. / Larsen, S. / Jensen, K.F.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: The Crystal Structure of Lactococcus lactis Dihydroorotate Dehydrogenase A Complexed with the Enzyme Reaction Product Throws Light on its Enzymatic Function
著者: Rowland, P. / Bjornberg, O. / Nielsen, F.S. / Jensen, K.F. / Larsen, S.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The Crystal Structure of the Flavin Containing Enzyme Dihydroorotate Dehydrogenase A from Lactococcus lactis
著者: Rowland, P. / Nielsen, F.S. / Jensen, K.F. / Larsen, S.
#4: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: Purification and Characterisation of Dihydroorotate Dehydrogenase A from Lactococcus lactis, Crystallisation and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of the Enzyme
著者: Nielsen, F.S. / Rowland, P. / Larsen, S. / Jensen, K.F.
履歴
登録2001年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dihydroorotate dehydrogenase A
B: dihydroorotate dehydrogenase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,02613
ポリマ－68,4842
非ポリマー1,54211
水10,935607
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7790 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area21740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.146, 108.145, 66.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit contains the biological homodimer.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 dihydroorotate dehydrogenase A


分子量: 34242.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 遺伝子: PyrD / プラスミド: pUHE23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SO6645 / 参照: UniProt: P54321, UniProt: A2RJT9*PLUS, EC: 1.3.3.1

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非ポリマー , 5種, 618分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 6K, Na-acetate, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 / 波長: 0.9101 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月30日 / 詳細: Bent mirror
放射モノクロメーター: Triangular / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9331
20.91011
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 66564 / Num. obs: 66536 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 19.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 4393 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: LACTOCOCCUS LACTIS DHODA PDB ID 1DOR

1dor


解像度: 1.8→18 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 6529 10.025 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs-64378 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.83 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4818 0 102 607 5527
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.008
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 1035 10.3 %
Rwork0.245 11912 -
obs-9052 90.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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