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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jua | ||||||||||||||||||
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タイトル | Solution Structure of the Deoxyribose HIV-1Lai Initiation Sequence Stable Dimer | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / HIV / SL1 / kissing-complex / loop-loop dimer / stable dimer | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / Simulated annealing Relaxation matrix refinement Chemical shifts back-calculation refinement | ![]() Barbault, F. / Huynh-Dinh, T. / Paoletti, J. / Lancelot, G. | ![]() ![]() タイトル: A new peculiar DNA structure: NMR solution structure of a DNA kissing complex. 著者: Barbault, F. / Huynh-Dinh, T. / Paoletti, J. / Lancelot, G. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 368 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 308.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 314 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 7091.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: dSL1 stable dimer |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Simulated annealing Relaxation matrix refinement Chemical shifts back-calculation refinement ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum, structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, ...コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum, structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 13 / 登録したコンフォーマーの数: 13 |