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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jtp | ||||||
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タイトル | Degenerate interfaces in antigen-antibody complexes | ||||||
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![]() | Antibody / Hydrolase / immunoglobulin / heavy chain antibody / VHH / interface | ||||||
機能・相同性 | ![]() glycosaminoglycan binding / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Decanniere, K. / Transue, T.R. / Desmyter, A. / Maes, D. / Muyldermans, S. / Wyns, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Degenerate interfaces in antigen-antibody complexes. 著者: Decanniere, K. / Transue, T.R. / Desmyter, A. / Maes, D. / Muyldermans, S. / Wyns, L. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of a camel single-domain VH antibody fragment in complex with lysozyme 著者: Desmyter, A. / Transue, T.R. / Ghahroudi, M.A. / Thi, M.H. / Poortmans, F. / Hamers, R. / Muyldermans, S. / Wyns, L. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE ARG IS PART OF THE HEMAGLUTAMINE-TAG, WHILE THE ENTRY IN THE GB DATABASE REPRESENTS THE ...SEQUENCE ARG IS PART OF THE HEMAGLUTAMINE-TAG, WHILE THE ENTRY IN THE GB DATABASE REPRESENTS THE SAME MOLECULE WITH A HIS-TAG. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 120.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 464.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 15757.232 Da / 分子数: 2 / 断片: VH DOMAIN FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pHEN1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 14228.105 Da / 分子数: 2 / 断片: ENZYME / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Purchased from Sigma 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P00703, lysozyme #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | ChemComp-FMT / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2M Na Formate, 100mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月1日 |
放射 | モノクロメーター: 0.98089 Angstrom / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98089 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→17 Å / Num. all: 42348 / Num. obs: 40619 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3873 / Rsym value: 0.417 / % possible all: 92 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB code: 1MEL 解像度: 1.9→17 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: Free-R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Eng & Huber 詳細: overall anisotropic B-factor and bulk solvent correction used
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.38 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→17 Å
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