[日本語] English
万見
- PDB-1jtp: Degenerate interfaces in antigen-antibody complexes -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jtp
タイトルDegenerate interfaces in antigen-antibody complexes
要素
  • LYSOZYME C
  • Single-Domain Antibody
キーワードAntibody / Hydrolase / immunoglobulin / heavy chain antibody / VHH / interface
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosaminoglycan binding / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / : / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / : / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Decanniere, K. / Transue, T.R. / Desmyter, A. / Maes, D. / Muyldermans, S. / Wyns, L.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Degenerate interfaces in antigen-antibody complexes.
著者: Decanniere, K. / Transue, T.R. / Desmyter, A. / Maes, D. / Muyldermans, S. / Wyns, L.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of a camel single-domain VH antibody fragment in complex with lysozyme
著者: Desmyter, A. / Transue, T.R. / Ghahroudi, M.A. / Thi, M.H. / Poortmans, F. / Hamers, R. / Muyldermans, S. / Wyns, L.
履歴
登録2001年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE ARG IS PART OF THE HEMAGLUTAMINE-TAG, WHILE THE ENTRY IN THE GB DATABASE REPRESENTS THE ...SEQUENCE ARG IS PART OF THE HEMAGLUTAMINE-TAG, WHILE THE ENTRY IN THE GB DATABASE REPRESENTS THE SAME MOLECULE WITH A HIS-TAG.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Single-Domain Antibody
B: Single-Domain Antibody
L: LYSOZYME C
M: LYSOZYME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,36215
ポリマ－59,9714
非ポリマー39111
水5,368298
1
A: Single-Domain Antibody
L: LYSOZYME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1467
ポリマ－29,9852
非ポリマー1615
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area11550 Å2
手法PISA
2
B: Single-Domain Antibody
M: LYSOZYME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2158
ポリマ－29,9852
非ポリマー2306
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area11580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.123, 69.375, 113.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体 Single-Domain Antibody


分子量: 15757.232 Da / 分子数: 2 / 断片: VH DOMAIN FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
プラスミド: pHEN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 2392447
#2: タンパク質 LYSOZYME C / 1 / 4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE C


分子量: 14228.105 Da / 分子数: 2 / 断片: ENZYME / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Purchased from Sigma
由来: (天然) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
参照: UniProt: P00703, lysozyme
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2M Na Formate, 100mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.98089 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月1日
放射モノクロメーター: 0.98089 Angstrom / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98089 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→17 Å / Num. all: 42348 / Num. obs: 40619 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3873 / Rsym value: 0.417 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code: 1MEL

1mel


解像度: 1.9→17 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: Free-R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Eng & Huber
詳細: overall anisotropic B-factor and bulk solvent correction used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2287 4149 -Random
Rwork0.1841 ---
all-40619 --
obs-40619 10.21 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.087 Å20 Å20 Å2
2---0.162 Å20 Å2
3---4.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4008 0 5 316 4329

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る