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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jsd | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF SWINE H9 HAEMAGGLUTININ | |||||||||
![]() | (HAEMAGGLUTININ ...) x 2 | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / influenza | |||||||||
機能・相同性 | ![]() clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ha, Y. / Steven, D.J. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: H5 avian and H9 swine influenza virus haemagglutinin structures: possible origin of influenza subtypes. 著者: Ha, Y. / Stevens, D.J. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 674.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 680.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-HAEMAGGLUTININ ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 35456.852 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-319 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: AUTO CLEAVED FRAGMENT OF N-TERMINUS 由来: (天然) ![]() 属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: A/Swine/Hong Kong/9/98 / 参照: UniProt: Q91CD4 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 20038.385 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-176 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: AUTO CLEAVED FRAGMENT OF C-TERMINUS 由来: (天然) ![]() 属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: A/Swine/Hong Kong/9/98 / 参照: UniProt: Q91CD4*PLUS |
-糖 , 2種, 5分子 
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-非ポリマー , 2種, 283分子 


#5: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.08 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: na citrate, hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月31日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 91194 / Num. obs: 91194 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.8 Å / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.083 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 9090 / Rmerge(I) obs: 0.482 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / Rfactor Rfree: 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.332 / Rfactor obs: 0.325 |