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万見
- PDB-1jrh: COMPLEX (ANTIBODY/ANTIGEN) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jrh
タイトルCOMPLEX (ANTIBODY/ANTIGEN)
要素
  • (ANTIBODY A6) x 2
  • INTERFERON-GAMMA RECEPTOR ALPHA CHAIN
キーワードCOMPLEX (ANTIBODY/ANTIGEN) / CYTOKINE RECEPTOR / COMPLEX (ANTIBODY-ANTIGEN) / TRANSMEMBRANE / GLYCOPROTEIN / COMPLEX (ANTIBODY-ANTIGEN) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


type II interferon receptor activity / Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / type III interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of amyloid-beta clearance / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition ...type II interferon receptor activity / Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / type III interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of amyloid-beta clearance / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / cytokine receptor activity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / positive regulation of amyloid-beta formation / phagocytosis, engulfment / IFNG signaling activates MAPKs / cytokine binding / immunoglobulin mediated immune response / type II interferon-mediated signaling pathway / complement activation, classical pathway / Regulation of IFNG signaling / antigen binding / positive regulation of phagocytosis / B cell differentiation / astrocyte activation / microglial cell activation / cytokine-mediated signaling pathway / response to virus / positive regulation of immune response / cellular response to virus / Interferon gamma signaling / positive regulation of tumor necrosis factor production / antibacterial humoral response / defense response to virus / Potential therapeutics for SARS / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interferon gamma receptor 1, transmembrane region / Interferon gamma receptor, D2 domain, poxvirus/mammal / Interferon gamma receptor (IFNGR1), D2 domain / Interferon gamma receptor alpha subunit / : / Tissue factor / : / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...Interferon gamma receptor 1, transmembrane region / Interferon gamma receptor, D2 domain, poxvirus/mammal / Interferon gamma receptor (IFNGR1), D2 domain / Interferon gamma receptor alpha subunit / : / Tissue factor / : / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Immunoglobulin kappa constant / Ig gamma-1 chain C region, membrane-bound form / Interferon gamma receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Winkler, F.K. / Sogabe, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Neutralizing epitopes on the extracellular interferon gamma receptor (IFNgammaR) alpha-chain characterized by homolog scanning mutagenesis and X-ray crystal structure of the A6 fab-IFNgammaR1-108 complex.
著者: Sogabe, S. / Stuart, F. / Henke, C. / Bridges, A. / Williams, G. / Birch, A. / Winkler, F.K. / Robinson, J.A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Dissection of the Extracellular Human Interferon Gamma Receptor Alpha-Chain Into Two Immunoglobulin-Like Domains. Production in an Escherichia Coli Thioredoxin Gene Fusion Expression ...タイトル: Dissection of the Extracellular Human Interferon Gamma Receptor Alpha-Chain Into Two Immunoglobulin-Like Domains. Production in an Escherichia Coli Thioredoxin Gene Fusion Expression System and Recognition by Neutralizing Antibodies
著者: Williams, G. / Ruegg, N. / Birch, A. / Weber, C. / Hofstadter, K. / Robinson, J.A. / Aguet, M. / Garotta, G. / Schlatter, D. / Huber, W.
#2: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1995
タイトル: Variable Region Cdna Sequences and Characterization of Murine Anti-Human Interferon Gamma Receptor Monoclonal Antibodies that Inhibit Receptor Binding by Interferon Gamma
著者: Bridges, A. / Birch, A. / Williams, G. / Aguet, M. / Schlatter, D. / Huber, W. / Garotta, G. / Robinson, J.A.
履歴
登録1997年9月23日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: ANTIBODY A6
H: ANTIBODY A6
I: INTERFERON-GAMMA RECEPTOR ALPHA CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2783
ポリマ－59,2783
非ポリマー00
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area22390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.740, 90.800, 101.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 ANTIBODY A6


分子量: 23600.936 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT;PEPSIN DIGESTION OF INTACT ANTIBODY / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: PIR: S01320, UniProt: P01837*PLUS
#2: 抗体 ANTIBODY A6


分子量: 23570.543 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT;PEPSIN DIGESTION OF INTACT ANTIBODY / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01869*PLUS
#3: タンパク質 INTERFERON-GAMMA RECEPTOR ALPHA CHAIN


分子量: 12106.464 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / Mutation: C105S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: ESCHERICHIA COLI HIOREDOXIN GENE FUSION EXPRESSION SYSTEM, BOVINE ENTEROKINASE CLEAVAGE
遺伝子: CDNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15260
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
解説: FOR FV_HEAVY AND FV_LIGHT, 1BBJ AND 1BBC, RESPECTIVELY. FOR FC, 2HFL. THESE ARE COMBINED AND OPTIMIZED. <I/SIGMA(I)> FOR THE DATA SET : 29.7 <I/SIGMA(I)> FOR SHELL : 5.9
結晶化pH: 5.5
詳細: 10%(W/V) PEG ME 5000, 0.5M NACL, 50MM BIS/TRIS, PH 5.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
117 mg/mlprotein1drop
221 mMTris1drop
393 mM1dropNaCl
40.4 mMEDTA1drop
51.4 %(w/v)PEG ME50001drop
67 mMBis-Tris1drop
710 %(w/v)PEG ME50001reservoir
80.5 M1reservoirNaCl
950 mMBis-Tris1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 19997 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rsym value: 0.059
反射 シェル解像度: 2.82→2.95 Å / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.288 / % possible all: 98.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 74824 / Rmerge(I) obs: 0.0588
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.1 % / Num. unique obs: 2465 / Num. measured obs: 8975 / Rmerge(I) obs: 0.2878

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MARXDSデータ収集
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MARXDSデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1BBJ, 1BBC, AND 2HFL

1bbj

1bbc

2hfl
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.8→20 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
詳細: ATOMS WITH B-FACTORS > 80 A**2 MUST BE CONSIDERED DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.314 954 5 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.246 19997 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.1 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3454 0 0 30 3484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.85
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it20
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 99 5 %
Rwork0.322 1793 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 19997 / Num. reflection obs: 18723 / σ(F): 2 / Rfactor all: 0.255
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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