[日本語] English
万見
- PDB-3e95: Crystal Structure of the Plasmodium Falciparum ubiquitin conjugat... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3.0E+95
タイトルCrystal Structure of the Plasmodium Falciparum ubiquitin conjugating enzyme complex, PfUBC13-PfUev1a
要素
  • Ubiquitin carrier protein
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2
キーワードLIGASE / malaria ubiquitin complex structural genomics / Ubl conjugation pathway / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-protein ligase / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Aggrephagy / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin conjugating enzyme complex / postreplication repair / ligase activity / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity ...ubiquitin-protein ligase / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Aggrephagy / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin conjugating enzyme complex / postreplication repair / ligase activity / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like ...: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2, putative / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Lam, A. / Ali, A. / Brokx, S. / Lin, Y.H. / Zhao, Y. / Lew, J. / Ravichandran, M. / Wasney, G. / Vedadi, M. ...Wernimont, A.K. / Lam, A. / Ali, A. / Brokx, S. / Lin, Y.H. / Zhao, Y. / Lew, J. / Ravichandran, M. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Kozieradzki, I. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Wilkstrom, M. / BOuntra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Qiu, W. / Brand, V.B. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of the Plasmodium Falciparum ubiquitin conjugating enzyme complex, PfUBC13-PfUev1a
著者: Wernimont, A.K. / Lam, A. / Ali, A. / Brokx, S. / Lin, Y.H. / Zhao, Y. / Lew, J. / Ravichandran, M. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Kozieradzki, I. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Wilkstrom, M. ...著者: Wernimont, A.K. / Lam, A. / Ali, A. / Brokx, S. / Lin, Y.H. / Zhao, Y. / Lew, J. / Ravichandran, M. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Kozieradzki, I. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Wilkstrom, M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Qiu, W. / Brand, V.B.
履歴
登録2008年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月18日Group: Derived calculations
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carrier protein
B: Ubiquitin carrier protein
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6718
ポリマ－52,6713
非ポリマー05
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area22360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.856, 154.856, 81.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / Refine code: 5

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1PROPROAA116 - 118116 - 118
2ASPASPBB116 - 120116 - 120

-
要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carrier protein


分子量: 17271.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PFE1350c / プラスミド: p15-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8I3J4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2


分子量: 18127.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: MAL3P2.20, PFC0255c / プラスミド: p15-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O97241
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.5 M Mg Formate 20 % ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 38712 / Num. obs: 38635 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 66.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.059 / Χ2: 1.923 / Net I/σ(I): 33.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.881 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique all: 3802 / Χ2: 1.755 / % possible all: 99.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 53.37 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.8 Å44.66 Å
Translation2.8 Å44.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.237 / WRfactor Rwork: 0.228 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.782 / SU B: 8.087 / SU ML: 0.178 / SU R Cruickshank DPI: 0.253 / SU Rfree: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1930 5 %RANDOM
Rwork0.248 ---
all0.249 38587 --
obs0.249 38526 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.21 Å2 / Biso mean: 50.613 Å2 / Biso min: 18.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.62 Å20.81 Å20 Å2
2--1.62 Å20 Å2
3----2.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3418 0 5 130 3553
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8771.9764819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.535432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5925.179168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.67615583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.121518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022738
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.160.21522
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.22419
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0850.2177
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1310.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3351.52259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.60723570
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.44531452
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7294.51249
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 8 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.120.5
LOOSE POSITIONAL0.735
MEDIUM THERMAL0.852
LOOSE THERMAL1.1110
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 142 -
Rwork0.372 2649 -
all-2791 -
obs-2287 99.43 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る