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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jq7 | ||||||
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タイトル | HCMV protease dimer-interface mutant, S225Y complexed to Inhibitor BILC 408 | ||||||
要素 | ASSEMBLINアセンビリン | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Herpesvirus (ヘルペスウイルス科) / cytomegalovirus (サイトメガロウイルス) / serine protease (セリンプロテアーゼ) / dimerization / enzyme activity regulation / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アセンビリン / viral release from host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / タンパク質分解 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Batra, R. / Khayat, R. / Tong, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: Molecular mechanism for dimerization to regulate the catalytic activity of human cytomegalovirus protease. 著者: Batra, R. / Khayat, R. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jq7.cif.gz | 99.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jq7.ent.gz | 74.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jq7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/1jq7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/1jq7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28206.641 Da / 分子数: 2 / 変異: A143Q, S225Y / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16753, アセンビリン #2: 化合物 | タイプ: peptide-likeペプチド, Peptide-likeペプチド クラス: 阻害剤 / 分子量: 717.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H63N7O7 / 詳細: This peptide was chemically synthesized. 参照: N-(6-aminohexanoyl)-3-methyl-L-valyl-3-methyl-L-valyl-N~4~,N~4~-dimethyl-N~1~-[(1R)-1-methyl-2,3-dioxo-3-{[(1S)-1- phenylpropyl]amino}propyl]-L-aspartamide 非ポリマーの詳細 | THE INHIBITOR 0FP IS COVALENTLY CONNECTED AT CARBON C4 TO THE ACTIVE SITE SERINES (A 1132 AND B ...THE INHIBITOR 0FP IS COVALENTLY | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000, HEPES, sodium chloride, glycerol, spermine tetrahydrochloride, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / 詳細: Tong, L., (1998) Nature Struct. Biol., 5, 819. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月2日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→19.9 Å / Num. all: 48246 / Num. obs: 10900 / % possible obs: 85.5 % / Observed criterion σ(F): 7 / Observed criterion σ(I): 5 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / % possible all: 97 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 48246 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.129 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2WPO (dimer) 解像度: 3→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 2061042.99 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 7 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.250918 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→19.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 7 / % reflection Rfree: 7.4 % / Rfactor obs: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.36 / % reflection Rfree: 7.5 % / Rfactor Rwork: 0.281 |