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万見
- PDB-1jor: Ensemble structures for unligated Staphylococcal nuclease-H124L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jor
タイトルEnsemble structures for unligated Staphylococcal nuclease-H124L
要素staphylococcal nuclease
キーワードHYDROLASE / beta barrel / alpha helix
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thermonuclease family signature 1. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...Thermonuclease family signature 1. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / Distance, hydrogen bond, torsion angle constraints
データ登録者Wang, J. / Truckses, D.M. / Abildgaard, F. / Dzakula, Z. / Zolnai, Z. / Markley, J.L.
引用ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1997
タイトル: Solution structures of staphylococcal nuclease from multidimensional, multinuclear NMR: nuclease-H124L and its ternary complex with Ca2+ and thymidine-3',5'-bisphosphate.
著者: Wang, J. / Truckses, D.M. / Abildgaard, F. / Dzakula, Z. / Zolnai, Z. / Markley, J.L.
履歴
登録2001年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: staphylococcal nuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8181
ポリマ－16,8181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 90structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 staphylococcal nuclease / thermonuclease / tnase / micrococcal nuclease


分子量: 16818.340 Da / 分子数: 1 / 断片: nuclease A / 変異: H124L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pTSN2cc / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: P00644, micrococcal nuclease

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111E-COSY
222HMQC-J
133DQF-COSY
1412D NOESY
2542D NOESY
2623D 1H-15N NOESY-HMQC
2752D 1H-13C HMQC
286HNCO
2963D HNCA
1101and others

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13.5-5 mM Nuclease-H124L U-50% 2H; 300 mM KCl; D2OD2O
23.5-5 mM Nuclease-H124L U-95% 15N; 300 mM KCl; H2OH2O
33.5-5 mM Nuclease-H124L; 300 mM KCl; D2OD2O
43.5-5 mM Nuclease-H124L U-50% 2H; 300 mM KCl; H2OH2O
53.5-5 mM Nuclease-H124L U-98% 13C; 300 mM KCl; H2OH2O
63.5-5 mM Nuclease-H124L U-98% 13C U-99% 15N; 300 mM KCl; H2OH2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1300 nM KCl 5.5ambient 318 K
2300 nM KCl 5.1ambient 318 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMBrukerAM5001
Bruker AMBrukerAM6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
FelixBiosym Technologies Inc解析
X-PLOR3.1Brunger構造決定
Insight II2.3Biosym Technologies Inc構造決定
HBPLUSMcDonald and Thornton構造決定
X-PLOR3.1Brunger精密化
精密化手法: Distance, hydrogen bond, torsion angle constraints / ソフトェア番号: 1
詳細: 2176 constraints were used to calculate the structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 90 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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