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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1joj | ||||||
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タイトル | CONCANAVALIN A-HEXAPEPTIDE COMPLEX | ||||||
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![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / lectin | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jain, D. / Kaur, K. / Salunke, D.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Enhanced binding of a rationally designed peptide ligand of concanavalin a arises from improved geometrical complementarity. 著者: Jain, D. / Kaur, K.J. / Salunke, D.M. #1: ![]() タイトル: Plasticity in Protein-Peptide Recognition: Crystal Structures of Two Different Peptides Bound to Concanavalin A 著者: Jain, D. / Kaur, K.J. / Salunke, D.M. #2: ![]() タイトル: Structural and Functional Consequences of Peptide-Carbohydrate Mimicry: Crystal Structure of a Carbohydrate-Mimicking Peptide Bound to Concanavalin A 著者: Jain, D. / Kaur, K.J. / Sundaravadivel, B. / Salunke, D.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 184.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 482.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 525.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5cnaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25622.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 946.103 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized. / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.06 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() |
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検出器 | 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 3 Å / Num. obs: 23957 / % possible obs: 78.1 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.13 Å / % possible obs: 71.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.37 / % possible all: 71.8 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.257 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5CNA 解像度: 3→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.8 % / Rfactor obs: 0.186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 28.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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