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- PDB-1jnp: Crystal Structure of Murine Tcl1 at 2.5 Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jnp
タイトルCrystal Structure of Murine Tcl1 at 2.5 Resolution
要素T-CELL LEUKEMIA/LYMPHOMA PROTEIN 1A
キーワードIMMUNE SYSTEM / BETA BARREL / DIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


ooplasm / regulation of stem cell population maintenance / pronucleus / somatic stem cell population maintenance / activation of protein kinase B activity / protein serine/threonine kinase activator activity / cell cortex / negative regulation of gene expression / endoplasmic reticulum / nucleus
類似検索 - 分子機能
Proto-oncogene - Oncogene Product P14tcl1 / TCL1/MTCP1 / TCL1/MTCP1 / TCL1/MTCP1 superfamily / TCL1/MTCP1 family / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell leukemia/lymphoma protein 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Petock, J.M. / Torshin, I.Y. / Wang, Y.F. / DuBois, G.C. / Croce, C.M. / Harrison, R.W. / Weber, I.T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structure of murine Tcl1 at 2.5 A resolution and implications for the TCL oncogene family.
著者: Petock, J.M. / Torshin, I.Y. / Wang, Y.F. / Du Bois, G.C. / Croce, C.M. / Harrison, R.W. / Weber, I.T.
履歴
登録2001年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: diffrn / exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _diffrn.ambient_temp / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42021年10月27日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-CELL LEUKEMIA/LYMPHOMA PROTEIN 1A
B: T-CELL LEUKEMIA/LYMPHOMA PROTEIN 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1962
ポリマ－28,1962
非ポリマー00
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.323, 115.911, 37.945
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.15, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 T-CELL LEUKEMIA/LYMPHOMA PROTEIN 1A / P14 TCL1 PROTEIN / TCL1 ONCOGENE / TCL-1 PROTEIN


分子量: 14098.037 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56280
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.9
詳細: Sodium Acetate, Tris, 1-O-octyl-beta-D-glucopyranoside, pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1drop
30.05 Msodium acetate1reservoir
40.1 MTris1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1.037
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月11日
放射モノクロメーター: Double Flat Crystal Fixed-exit Monochromator, Si 111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.037 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. all: 11802 / Num. obs: 11802 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rsym value: 0.264 / % possible all: 94.7
反射
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. obs: 11019 / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 11802 / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.59 Å / % possible obs: 99.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→10 Å / Num. parameters: 1813 / Num. restraintsaints: 2096 / 交差検証法: FREE R / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2356 606 -RANDOM
Rwork0.2256 ---
all0.196 11625 --
obs0.2257 11802 92.1 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1803
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1754 0 0 49 1803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.048
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.094
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.2257 / Rfactor Rwork: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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