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- PDB-3uen: Crystal structure of TopBP1 BRCT4/5 domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uen
タイトルCrystal structure of TopBP1 BRCT4/5 domains
要素DNA topoisomerase 2-binding protein 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / BRCT domain / phospho-peptide binding
機能・相同性
機能・相同性情報


broken chromosome clustering / BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / homologous recombination / DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / mitotic DNA replication checkpoint signaling / protein localization to site of double-strand break / chromatin-protein adaptor activity ...broken chromosome clustering / BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / homologous recombination / DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / mitotic DNA replication checkpoint signaling / protein localization to site of double-strand break / chromatin-protein adaptor activity / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / DNA metabolic process / response to ionizing radiation / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / chromosome organization / DNA replication initiation / site of DNA damage / DNA damage checkpoint signaling / condensed nuclear chromosome / male germ cell nucleus / protein serine/threonine kinase activator activity / PML body / G2/M DNA damage checkpoint / double-strand break repair via homologous recombination / spindle pole / chromosome / actin cytoskeleton / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / nuclear body / DNA repair / DNA damage response / centrosome / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / TopBP1, BRCT0 domain / TopBP1, first BRCT domain / : / : / TopBP1/SLF1, BRCT domain / Secretoglobin superfamily / BRCT domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain ...: / : / TopBP1, BRCT0 domain / TopBP1, first BRCT domain / : / : / TopBP1/SLF1, BRCT domain / Secretoglobin superfamily / BRCT domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / DNA topoisomerase 2-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Leung, C.C. / Glover, J.N.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural insights into recognition of MDC1 by TopBP1 in DNA replication checkpoint control.
著者: Leung, C.C. / Sun, L. / Gong, Z. / Burkat, M. / Edwards, R. / Assmus, M. / Chen, J. / Glover, J.N.
履歴
登録2011年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 2-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7577
ポリマ－22,2381
非ポリマー5196
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.902, 48.801, 126.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1093-

HOH

21A-1133-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 2-binding protein 1 / DNA topoisomerase II-beta-binding protein 1 / TopBP1 / DNA topoisomerase II-binding protein 1


分子量: 22238.371 Da / 分子数: 1 / 断片: BRCT domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0259, TOPBP1 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: Q92547
#2: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, NaSCN, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11588 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11588 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 18140 / Num. obs: 18140 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-1.933.70.497199.2
1.93-1.973.90.4431100
1.97-2.013.90.3841100
2.01-2.0540.2851100
2.05-2.093.80.258199.8
2.09-2.143.90.2271100
2.14-2.1940.2051100
2.19-2.253.80.192199.9
2.25-2.323.90.175199.9
2.32-2.393.90.1441100
2.39-2.483.90.1351100
2.48-2.583.90.121199.9
2.58-2.73.90.109199.7
2.7-2.843.90.0921100
2.84-3.023.80.077199.9
3.02-3.253.80.0651100
3.25-3.583.80.05199.7
3.58-4.093.60.034199.6
4.09-5.163.90.03199.2
5.16-503.60.026198.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 59.37 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å38.63 Å
Translation2.5 Å38.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→38.59 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2237 927 5.11 %
Rwork0.175 --
obs0.1775 18137 99.67 %
all-18137 -
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.73 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.5852 Å20 Å20 Å2
2--9.5631 Å20 Å2
3---6.0125 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1502 0 33 238 1773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111603
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3472174
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.537597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005274
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.00020.28071420.23022376X-RAY DIFFRACTION99
2.0002-2.12550.24241330.18142427X-RAY DIFFRACTION100
2.1255-2.28960.23871270.1812395X-RAY DIFFRACTION100
2.2896-2.520.22461310.17542443X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.88450.20971270.17362466X-RAY DIFFRACTION100
2.8845-3.63370.22451270.15472496X-RAY DIFFRACTION100
3.6337-38.59820.20841400.17612607X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.4566 Å / Origin y: 49.5704 Å / Origin z: 76.5804 Å
111213212223313233
T0.0137 Å20.0141 Å20.0119 Å2-0.0113 Å20.0277 Å2--0.0078 Å2
L0.1582 °20.0587 °20.002 °2-0.4039 °2-0.1843 °2--0.3347 °2
S0.0131 Å °0.0302 Å °0.0333 Å °-0.0343 Å °-0.0198 Å °-0.0287 Å °-0.0395 Å °0.0233 Å °0.0076 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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