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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jmz | ||||||
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タイトル | crystal structure of a quinohemoprotein amine dehydrogenase from pseudomonas putida with inhibitor | ||||||
![]() | (Amine Dehydrogenase) x 3 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Amine Dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | ![]() Oxidoreductases; Acting on the CH-NH2 group of donors; With a copper protein as acceptor / aliphatic amine dehydrogenase activity / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Satoh, A. / Miyahara, I. / Hirotsu, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of quinohemoprotein amine dehydrogenase from Pseudomonas putida. Identification of a novel quinone cofactor encaged by multiple thioether cross-bridges. 著者: Satoh, A. / Kim, J.K. / Miyahara, I. / Devreese, B. / Vandenberghe, I. / Hacisalihoglu, A. / Okajima, T. / Kuroda, S. / Adachi, O. / Duine, J.A. / Van Beeumen, J. / Tanizawa, K. / Hirotsu, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 190.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 156.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABG
#1: タンパク質 | 分子量: 53986.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 39284.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 8630.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-非ポリマー , 4種, 300分子 ![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/PND.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/PND.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-NI / | ||||
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#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-PND / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG MME2000, nickel chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→34 Å / Num. obs: 75744 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / % possible all: 99.6 |
反射 | *PLUS % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.211 / Rfactor Rfree: 0.25 | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.009 | |||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.293 / Rfactor obs: 0.279 |