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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jmy | ||||||
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タイトル | Truncated Recombinant Human Bile Salt Stimulated Lipase | ||||||
![]() | BILE-SALT-ACTIVATED LIPASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / BSSL / BSDL / Bile salt dependent lipase / Bile salt stimulated lipase | ||||||
機能・相同性 | ![]() retinyl-palmitate esterase activity / Digestion of dietary lipid / acetylesterase / ceramide catabolic process / sterol esterase / sterol ester esterase activity / pancreatic juice secretion / acetylesterase activity / intestinal cholesterol absorption / triacylglycerol lipase ...retinyl-palmitate esterase activity / Digestion of dietary lipid / acetylesterase / ceramide catabolic process / sterol esterase / sterol ester esterase activity / pancreatic juice secretion / acetylesterase activity / intestinal cholesterol absorption / triacylglycerol lipase / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / triacylglycerol lipase activity / catalytic activity / lipid metabolic process / heparin binding / hydrolase activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Moore, S.A. / Kingston, R.L. / Loomes, K.M. / Hernell, O. / Blackberg, L. / Baker, H.M. / Baker, E.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of truncated recombinant human bile salt-stimulated lipase reveals bile salt-independent conformational flexibility at the active-site loop and provides insights into heparin binding. 著者: Moore, S.A. / Kingston, R.L. / Loomes, K.M. / Hernell, O. / Blackberg, L. / Baker, H.M. / Baker, E.N. #1: ![]() タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of native and recombinant human bile-salt dependent lipase: strategies for improvement of diffraction quality | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57479.176 Da / 分子数: 1 / 断片: 1-518 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P19835, triacylglycerol lipase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.12 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: PEG-6000, PIPES/KOH, Glycerol, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 3 詳細: Kingston, R.L., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 478. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996 / 詳細: Graphite Monochromator |
放射 | モノクロメーター: Graphite plus 0.1 mm collimator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→100 Å / Num. all: 17429 / Num. obs: 15613 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.6 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 74.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 100 Å / % possible obs: 90.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 74.9 % / Rmerge(I) obs: 0.35 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Truncated core of acetylcholinesterase 解像度: 2.6→100 Å / Isotropic thermal model: Tightly restrained individual B's / 交差検証法: Freer / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 45 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→100 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 100 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.236 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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