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- PDB-1jm1: Crystal structure of the soluble domain of the Rieske protein II ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jm1
タイトルCrystal structure of the soluble domain of the Rieske protein II (soxF) from Sulfolobus acidocaldarius
要素Rieske iron-sulfur protein soxF
キーワードelectron transport / oxidoreductase / Rieske iron-sulfur protein / respiratory chain
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Rieske (2Fe-2S) protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.11 Å
データ登録者Boenisch, H. / Schmidt, C.L. / Schaefer, G. / Ladenstein, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: The structure of the soluble domain of an archaeal Rieske iron-sulfur protein at 1.1 A resolution.
著者: Bonisch, H. / Schmidt, C.L. / Schafer, G. / Ladenstein, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of Rieske iron-sulfur protein II (soxF) from Sulfolobus acidocaldarius
著者: Boenisch, H. / Schmidt, C.L. / Schaefer, G. / Ladenstein, R.
#2: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1997
タイトル: Expression of the Sulfolobus acidocaldarius Rieske iron sulfur protein II (soxF) with the correctly inserted [2Fe-2S] cluster in Escherichia coli
著者: Schmidt, C.L. / Hatzfeld, O.M. / Petersen, A. / Link, T.A. / Schaefer, G.
履歴
登録2001年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rieske iron-sulfur protein soxF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8993
ポリマ－21,6991
非ポリマー2002
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.252, 80.252, 75.624
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Rieske iron-sulfur protein soxF / Rieske protein / soxF / Quinol oxidase-2


分子量: 21699.285 Da / 分子数: 1 / 断片: Soluble domain, C-terminal residues 47 - 250 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
遺伝子: SOXF / プラスミド: pET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q53766
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 8000, magnesium acetate, sodium cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, at 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 %(w/v)PEG80001reservoir
20.2 Mmagnesium acetate1reservoir
30.1 Msodium cacodylate1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: BW7A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月29日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.11→20 Å / Num. all: 112015 / Num. obs: 109985 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.2 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 32.4
反射 シェル解像度: 1.11→1.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 4935 / % possible all: 73.6
反射
*PLUS
最低解像度: 69 Å / Num. obs: 112015 / Num. measured all: 2039387 / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.11→20 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1247 5409 4.9 %RANDOM
Rwork0.1063 ---
all0.1063 112015 --
obs0.1063 109985 98.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.11→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3157 0 5 298 3460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.124
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.166
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 69 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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