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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jlr | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE GTP COMPLEX 2 MUTANT C128V | ||||||
要素 | Uracil Phosphoribosyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / UPRTASE / GTP activated / tetramer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosylnicotinamide kinase activity / uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / UMP salvage / chloroplast / GTP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
Model details | URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE (E.C.2.4.2.9) | ||||||
データ登録者 | Schumacher, M.A. / Bashor, C.J. / Otsu, K. / Zu, S. / Parry, R. / Ulmman, B. / Brennan, R.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: The structural mechanism of GTP stabilized oligomerization and catalytic activation of the Toxoplasma gondii uracil phosphoribosyltransferase. 著者: Schumacher, M.A. / Bashor, C.J. / Song, M.H. / Otsu, K. / Zhu, S. / Parry, R.J. / Ullman, B. / Brennan, R.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jlr.cif.gz | 202.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jlr.ent.gz | 162.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jlr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jlr_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jlr_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1jlr_validation.xml.gz | 42.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jlr_validation.cif.gz | 55.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/1jlr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/1jlr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27558.246 Da / 分子数: 4 / 変異: C1128V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) プラスミド: pBACE / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q26998, uracil phosphoribosyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GTP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.21 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Citrate buffer, NaCl, Ammonium phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 4.7 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年3月23日 / 詳細: yale mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→16.1 Å / Num. obs: 34646 / % possible obs: 86.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 11.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.6 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 2240 / Rsym value: 0.143 / % possible all: 67 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 77473 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BD3 解像度: 2.45→16.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 522583.02 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.5739 Å2 / ksol: 0.300439 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→16.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.184 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 25.1 Å2 | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.326 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor Rwork: 0.276 |