+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jju | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of a Quinohemoprotein Amine Dehydrogenase with a Unique Redox Cofactor and Highly Unusual Crosslinking | ||||||
要素 | (QUINOHEMOPROTEIN AMINE ...) x 3 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT PROTEIN / QUINOHEMOPROTEIN / AMINE DEHYDROGENASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Oxidoreductases; Acting on the CH-NH2 group of donors; With a cytochrome as acceptor / oxidoreductase activity, acting on the CH-NH2 group of donors / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Paracoccus denitrificans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Datta, S. / Mori, Y. / Takagi, K. / Kawaguchi, K. / Chen, Z.-W. / Kano, K. / Ikeda, T. / Okajima, T. / Kuroda, S. / Tanizawa, K. / Mathews, F.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001 タイトル: Structure of a quinohemoprotein amine dehydrogenase with an uncommon redox cofactor and highly unusual crosslinking. 著者: Datta, S. / Mori, Y. / Takagi, K. / Kawaguchi, K. / Chen, Z.W. / Okajima, T. / Kuroda, S. / Ikeda, T. / Kano, K. / Tanizawa, K. / Mathews, F.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jju.cif.gz | 198.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1jju.ent.gz | 162.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jju.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/1jju ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/1jju | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | Molecule is heterotrimer in solution |
-要素
-QUINOHEMOPROTEIN AMINE ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 52711.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paracoccus denitrificans (バクテリア) / 株: IFO12442 / 参照: UniProt: Q8VUT0 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 37021.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paracoccus denitrificans (バクテリア) / 株: IFO12442 / 参照: UniProt: Q8VUS7 |
#3: タンパク質 | 分子量: 8767.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paracoccus denitrificans (バクテリア) / 株: IFO12442 / 参照: UniProt: Q8VUS8 |
-非ポリマー , 4種, 641分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 4000, tert-butanol, citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / pH: 7.5 / 詳細: used macroseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月21日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: MIRROR + Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→30 Å / Num. all: 68364 / Num. obs: 58964 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 24.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2850 / % possible all: 50.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.04 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 50.6 % |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.05→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | Bsol: 48.6423 Å2 / ksol: 0.32865 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.202 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 37.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.5 | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.379 / Rfactor Rwork: 0.348 |