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- PDB-1jju: Structure of a Quinohemoprotein Amine Dehydrogenase with a Unique... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jju
タイトルStructure of a Quinohemoprotein Amine Dehydrogenase with a Unique Redox Cofactor and Highly Unusual Crosslinking
要素(QUINOHEMOPROTEIN AMINE ...) x 3
キーワードELECTRON TRANSPORT PROTEIN / QUINOHEMOPROTEIN / AMINE DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Oxidoreductases; Acting on the CH-NH2 group of donors; With a cytochrome as acceptor / oxidoreductase activity, acting on the CH-NH2 group of donors / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Quinohemoprotein amine dehydrogenase alpha subunit, domain 2 / Quinohemoprotein amine dehydrogenase / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, gamma subunit structural domain / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, alpha subunit, domain 2 / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, gamma subunit, structural domain / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, alpha subunit, haem binding domain / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, alpha subunit domain III / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, alpha subunit domain IV / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, beta subunit / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, alpha subunit ...Quinohemoprotein amine dehydrogenase alpha subunit, domain 2 / Quinohemoprotein amine dehydrogenase / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, gamma subunit structural domain / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, alpha subunit, domain 2 / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, gamma subunit, structural domain / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, alpha subunit, haem binding domain / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, alpha subunit domain III / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, alpha subunit domain IV / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, beta subunit / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, alpha subunit / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, gamma subunit structural domain superfamily / Quinohemoprotein amine dehydrogenase alpha subunit, domain 2 superfamily / : / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, gamma subunit / Quinohemoprotein amine dehydrogenase A, alpha subunit, haem binding / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, alpha subunit domain III / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, alpha subunit domain IV / Quinohemoprotein amine dehydrogenase, alpha subunit domain II / : / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Cytochrome c-like domain superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Lipocalin / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulin E-set / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / Quinohemoprotein amine dehydrogenase 40 kDa subunit / Quinohemoprotein amine dehydrogenase subunit gamma / Quinohemoprotein amine dehydrogenase 60 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Datta, S. / Mori, Y. / Takagi, K. / Kawaguchi, K. / Chen, Z.-W. / Kano, K. / Ikeda, T. / Okajima, T. / Kuroda, S. / Tanizawa, K. / Mathews, F.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Structure of a quinohemoprotein amine dehydrogenase with an uncommon redox cofactor and highly unusual crosslinking.
著者: Datta, S. / Mori, Y. / Takagi, K. / Kawaguchi, K. / Chen, Z.W. / Okajima, T. / Kuroda, S. / Ikeda, T. / Kano, K. / Tanizawa, K. / Mathews, F.S.
履歴
登録2001年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: QUINOHEMOPROTEIN AMINE DEHYDROGENASE
B: QUINOHEMOPROTEIN AMINE DEHYDROGENASE
C: QUINOHEMOPROTEIN AMINE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,9799
ポリマ－98,5013
非ポリマー1,4786
水11,440635
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12220 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area33070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.489, 99.489, 214.489
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細Molecule is heterotrimer in solution

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要素

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QUINOHEMOPROTEIN AMINE ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 QUINOHEMOPROTEIN AMINE DEHYDROGENASE


分子量: 52711.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paracoccus denitrificans (バクテリア) / 株: IFO12442 / 参照: UniProt: Q8VUT0
#2: タンパク質 QUINOHEMOPROTEIN AMINE DEHYDROGENASE


分子量: 37021.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paracoccus denitrificans (バクテリア) / 株: IFO12442 / 参照: UniProt: Q8VUS7
#3: タンパク質 QUINOHEMOPROTEIN AMINE DEHYDROGENASE


分子量: 8767.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paracoccus denitrificans (バクテリア) / 株: IFO12442 / 参照: UniProt: Q8VUS8

-
非ポリマー , 4種, 641分子

#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL / tert-ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 4000, tert-butanol, citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 7.5 / 詳細: used macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.5
3100 mMsodium citrate1reservoirpH5.6
418 %PEG40001reservoir
521 %t-butyl alcohol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: MIRROR + Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. all: 68364 / Num. obs: 58964 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2850 / % possible all: 50.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.04 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 50.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.05→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 5993 -RANDOM
Rwork0.202 ---
all-68364 --
obs-58964 86.4 %-
溶媒の処理Bsol: 48.6423 Å2 / ksol: 0.32865 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6961 0 87 650 7698
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 649 -
Rwork0.348 --
obs-5650 56.2 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.202
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 37.6 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.379 / Rfactor Rwork: 0.348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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