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万見
- PDB-3dyq: human phosphodiestrase 9 (inhibited by omitting divalent cation) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dyq
タイトルhuman phosphodiestrase 9 (inhibited by omitting divalent cation) in complex with cGMP
要素High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
キーワードHYDROLASE / PHOSPHODIESTERASE / ENZYME MECHANISM / cGMP / Manganese / Metal-binding / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP metabolic process / negative regulation of neural precursor cell proliferation / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP catabolic process / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling ...cGMP metabolic process / negative regulation of neural precursor cell proliferation / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP catabolic process / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / positive regulation of long-term synaptic potentiation / sarcolemma / ruffle membrane / perikaryon / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / signal transduction / nucleoplasm / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-ISOBUTYL-1-METHYLXANTHINE / CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Liu, S. / Mansour, M.N. / Dillman, K. / Perez, J. / Danley, D. / Menniti, F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural basis for the catalytic mechanism of human phosphodiesterase 9.
著者: Liu, S. / Mansour, M.N. / Dillman, K.S. / Perez, J.R. / Danley, D.E. / Aeed, P.A. / Simons, S.P. / Lemotte, P.K. / Menniti, F.S.
履歴
登録2008年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
B: High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3858
ポリマ－77,7262
非ポリマー6596
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
ヘテロ分子

B: High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3858
ポリマ－77,7262
非ポリマー6596
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-y+3/2,x-1/2,z+1/41
Buried area3920 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area28650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.650, 103.650, 270.041
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYGLNGLNAA178 - 4271 - 250
21GLYGLYGLNGLNBB178 - 4271 - 250
12THRTHRASPASPAA448 - 488271 - 311
22THRTHRASPASPBB448 - 488271 - 311

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要素

#1: タンパク質 High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A


分子量: 38862.926 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 242-566 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-His tag (removed after purification) catalytic domain
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE9A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O76083, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-PCG / CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / cGMP


分子量: 345.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O7P
#4: 化合物 ChemComp-IBM / 3-ISOBUTYL-1-METHYLXANTHINE / IBMX


分子量: 222.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O2 / コメント: 阻害剤, アンタゴニスト*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.58 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 65299 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 23

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.3.0008 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1TBM

1tbm
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 14.204 / SU ML: 0.149 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22627 5261 10.2 %RANDOM
Rwork0.19566 ---
obs0.19885 46414 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.023 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.86 Å20 Å20 Å2
2--1.86 Å20 Å2
3----3.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5412 0 43 238 5693
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225595
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023816
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.351.9637584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83239298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5295654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.99124.317278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.57151000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6031532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2817
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021129
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2620.21557
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2130.24053
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2010.22827
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.22788
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2070.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2030.210
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.270.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.30.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2680.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7171.53300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1871.51288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49925380
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7632389
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3274.52204
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1723tight positional0.060.05
2334medium positional0.220.5
1723tight thermal0.160.5
2334medium thermal0.752
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 356 -
Rwork0.32 3396 -
obs--99.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0896-0.60360.02950.81950.00481.02270.0725-0.0468-0.0064-0.0179-0.02180.1042-0.0772-0.0207-0.05070.0097-0.0035-0.0158-0.19550.0097-0.056484.034145.641945.7999
20.5446-0.11950.2091.5557-0.50231.44450.0340.1404-0.0751-0.0676-0.0343-0.01750.18010.02690.0003-0.04930.03690.0001-0.0991-0.0196-0.056192.698831.90177.1034
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A181 - 505
2X-RAY DIFFRACTION2B181 - 505

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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