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- PDB-3dys: human phosphodiestrase-5'GMP complex (EP), produced by soaking wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dys
タイトルhuman phosphodiestrase-5'GMP complex (EP), produced by soaking with 20mM cGMP+20 mM MnCl2+20 mM MgCl2 for 2 hours, and flash-cooled to liquid nitrogen temperature when substrate was still abudant.
要素High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
キーワードHYDROLASE / phosphodiestrase / enzyme mechanism / cGMP / Manganese / Metal-binding / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP metabolic process / negative regulation of neural precursor cell proliferation / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / calmodulin-activated dual specificity 3',5'-cyclic-GMP, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / calmodulin-activated 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / cGMP catabolic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity ...cGMP metabolic process / negative regulation of neural precursor cell proliferation / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / calmodulin-activated dual specificity 3',5'-cyclic-GMP, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / calmodulin-activated 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / cGMP catabolic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / positive regulation of long-term synaptic potentiation / sarcolemma / ruffle membrane / perikaryon / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / FORMIC ACID / 3-ISOBUTYL-1-METHYLXANTHINE / : / High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Liu, S. / Mansour, M.N. / Dillman, K. / Perez, J. / Danley, D. / Menniti, F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural basis for the catalytic mechanism of human phosphodiesterase 9.
著者: Liu, S. / Mansour, M.N. / Dillman, K.S. / Perez, J.R. / Danley, D.E. / Aeed, P.A. / Simons, S.P. / Lemotte, P.K. / Menniti, F.S.
履歴
登録2008年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
B: High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,62611
ポリマ－77,7262
非ポリマー9009
水8,341463
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
ヘテロ分子

B: High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,62611
ポリマ－77,7262
非ポリマー9009
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-y+3/2,x-1/2,z+1/41
Buried area4010 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area28600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.992, 103.992, 269.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: A B)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A


分子量: 38862.926 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 242-566 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-his tag (removed after purification) catalytic domain
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE9A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O76083, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase

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非ポリマー , 6種, 472分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#5: 化合物 ChemComp-IBM / 3-ISOBUTYL-1-METHYLXANTHINE / IBMX


分子量: 222.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O2 / コメント: 阻害剤, アンタゴニスト*YM
#6: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.78 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 66436 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 42.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 18.9

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.3.0008 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 8.562 / SU ML: 0.109 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21224 6712 10.1 %RANDOM
Rwork0.18571 ---
obs0.18846 59549 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.706 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å20 Å20 Å2
2--1.75 Å20 Å2
3----3.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5384 0 49 463 5896
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225568
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023797
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2371.9647546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9239252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3785650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.34524.332277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.00115995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4811532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2814
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021121
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21291
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.23875
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.22743
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22615
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2366
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2540.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2880.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1190.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8431.54299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1321.51279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91725352
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.71132697
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4734.52194
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1461tight positional0.080.05
B1979medium positional0.130.5
A1461tight thermal0.340.5
B1979medium thermal0.392
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 467 -
Rwork0.228 4283 -
obs--97.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5472-0.8291-0.26941.75370.02171.74920.0869-0.13190.0190.1201-0.01750.1276-0.1103-0.0266-0.0694-0.0465-0.0278-0.0216-0.23780.0013-0.1384.512245.623345.7448
21.2182-0.38320.3482.2452-0.26792.01810.01880.2501-0.1003-0.1728-0.0276-0.02990.14450.0850.0089-0.11450.03570.0284-0.13-0.0034-0.134292.761531.79587.0245
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A182 - 505
2X-RAY DIFFRACTION2B181 - 505

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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