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- PDB-1jjt: IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA IN COMPL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jjt
タイトルIMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA IN COMPLEX WITH A BIARYL SUCCINIC ACID INHIBITOR (1)
要素IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / METALLO-BETA-LACTAMASE INHIBITOR / SUCCINIC ACID INHIBITOR / IMP-1 METALLO-BETA-LACTAMASE
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2,3-BIS-BENZO[1,3]DIOXOL-5-YLMETHYL-SUCCINIC ACID / Metallo-beta-lactamase type 2 / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / MOLECULAR REPLACEMEN / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fitzgerald, P.M.D. / Sharma, N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Succinic acids as potent inhibitors of plasmid-borne IMP-1 metallo-beta-lactamase.
著者: Toney, J.H. / Hammond, G.G. / Fitzgerald, P.M. / Sharma, N. / Balkovec, J.M. / Rouen, G.P. / Olson, S.H. / Hammond, M.L. / Greenlee, M.L. / Gao, Y.D.
履歴
登録2001年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE
B: IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,57712
ポリマ－50,2932
非ポリマー1,28310
水8,179454
1
A: IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7886
ポリマ－25,1471
非ポリマー6425
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7886
ポリマ－25,1471
非ポリマー6425
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
A: IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子

B: IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,57712
ポリマ－50,2932
非ポリマー1,28310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area4740 Å2
ΔGint-259 kcal/mol
Surface area17980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.800, 45.180, 64.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE


分子量: 25146.676 Da / 分子数: 2 / 断片: METALLO-BETA-LACTAMASE / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PLEASE NOTE THAT THE PROTEIN CONTAINS POSTRANSLATIONAL MODIFICATION: ATOM CG OF ASN 26 IS BOUND TO ATOM N OF GLY 27. THIS ACCOUNTS FOR MISSING ATOMS LISTED IN REMARK 470 AND DISTORTED ...詳細: PLEASE NOTE THAT THE PROTEIN CONTAINS POSTRANSLATIONAL MODIFICATION: ATOM CG OF ASN 26 IS BOUND TO ATOM N OF GLY 27. THIS ACCOUNTS FOR MISSING ATOMS LISTED IN REMARK 470 AND DISTORTED GEOMETRY REPORTED FOR THESE RESIDUES.
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P52699, UniProt: Q79MP6*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-BDS / 2,3-BIS-BENZO[1,3]DIOXOL-5-YLMETHYL-SUCCINIC ACID / (2S,3S)-2,3-ビス(1,3-ベンゾジオキソ-ル-5-イルメチル)こはく酸


分子量: 386.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18O8
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.3 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: peg monomethyl ether 550, zinc acetate, mes pH 6.7-7.1, 310 K, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→99 Å / Num. obs: 37199 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.315 % / Rmerge(I) obs: 0.0766 / Net I/σ(I): 10.838
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 2.33 % / Rmerge(I) obs: 0.2736 / Mean I/σ(I) obs: 1.417 / % possible all: 89
反射
*PLUS
最低解像度: 9999 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89 % / Num. unique obs: 5552

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解析

ソフトウェア
名称分類
MERLOT位相決定
SHELXL-97精密化
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: MOLECULAR REPLACEMEN
開始モデル: SAME PROTEIN IN A DIFFERENT SPACE GROUP

解像度: 1.8→10 Å / Num. parameters: 15875 / Num. restraintsaints: 14586 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 1818 5 %RANDOM
obs0.199 -99.7 %-
all-35190 --
溶媒の処理溶媒モデル: SHEXL 97 SWAT PARAMETER REFINEMENT
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 3965
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3440 0 70 454 3964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.047
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.324
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.039
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.082
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.324
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.88 Å / Num. reflection obs: 3786 / Rfactor obs: 0.351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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