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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jjo | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Mouse Neuroserpin (Cleaved form) | ||||||
要素 | (NEUROSERPIN) x 3 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Serpin / Serine protease inhibitor / Neuronal serpin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoplasmic vesicle lumen / negative regulation of endopeptidase activity / regulation of cell adhesion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of neuron projection development / perikaryon / secretory granule lumen / neuronal cell body / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å | ||||||
データ登録者 | Briand, C. / Kozlov, S.V. / Sonderegger, P. / Gruetter, M.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of neuroserpin: a neuronal serpin involved in a conformational disease. 著者: Briand, C. / Kozlov, S.V. / Sonderegger, P. / Grutter, M.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jjo.cif.gz | 134 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jjo.ent.gz | 106.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jjo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jjo_validation.pdf.gz | 444.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jjo_full_validation.pdf.gz | 493.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jjo_validation.xml.gz | 30.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jjo_validation.cif.gz | 37.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/1jjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/1jjo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4416.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: SERPINI1 or PI12 or SPI17 / プラスミド: PAK400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: O35684 #2: タンパク質 | 分子量: 29630.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: SERPINI1 or PI12 or SPI17 / プラスミド: PAK400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: O35684 #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3969.749 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: SERPINI1 or PI12 or SPI17 / プラスミド: PAK400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: O35684 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.63 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 25% PEG8000, 0.2M H2PO4(NH4), 0.1M Tris-HCl, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月6日 |
放射 | モノクロメーター: mirror, Prophysics XRM-216 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.06→16.86 Å / Num. all: 11124 / Num. obs: 9419 / % possible obs: 79.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.57 % / Rsym value: 0.155 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 3.06→3.1 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 417 / Rsym value: 0.421 / % possible all: 94.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 17 Å / Rmerge(I) obs: 0.155 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 74.6 % / Num. unique obs: 7975 / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: homology model based on all available cleaved serpin structures 解像度: 3.06→16.89 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Bulk solvent correction, strict NCS
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.06→16.89 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.3 % / Rfactor obs: 0.232 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |