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- PDB-1jjo: Crystal Structure of Mouse Neuroserpin (Cleaved form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jjo
タイトルCrystal Structure of Mouse Neuroserpin (Cleaved form)
要素(NEUROSERPIN) x 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Serpin / Serine protease inhibitor / Neuronal serpin
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / secretory granule lumen / perikaryon / neuronal cell body / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain ...Helix hairpin bin / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Helix Hairpins / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Briand, C. / Kozlov, S.V. / Sonderegger, P. / Gruetter, M.G.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of neuroserpin: a neuronal serpin involved in a conformational disease.
著者: Briand, C. / Kozlov, S.V. / Sonderegger, P. / Grutter, M.G.
履歴
登録2001年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEUROSERPIN
C: NEUROSERPIN
E: NEUROSERPIN
B: NEUROSERPIN
D: NEUROSERPIN
F: NEUROSERPIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0326
ポリマ－76,0326
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17790 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area26170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.290, 108.690, 45.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド NEUROSERPIN / PROTEASE INHIBITOR 17


分子量: 4416.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: SERPINI1 or PI12 or SPI17 / プラスミド: PAK400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: O35684
#2: タンパク質 NEUROSERPIN / PROTEASE INHIBITOR 17


分子量: 29630.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: SERPINI1 or PI12 or SPI17 / プラスミド: PAK400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: O35684
#3: タンパク質・ペプチド NEUROSERPIN / PROTEASE INHIBITOR 17


分子量: 3969.749 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: SERPINI1 or PI12 or SPI17 / プラスミド: PAK400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: O35684

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 25% PEG8000, 0.2M H2PO4(NH4), 0.1M Tris-HCl, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
125 mg/mlprotein1drop
225 %PEG80001reservoir
30.2 M1reservoirH2PO4(NH4)
40.1 MTris-HCl1reservoirpH6.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月6日
放射モノクロメーター: mirror, Prophysics XRM-216 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→16.86 Å / Num. all: 11124 / Num. obs: 9419 / % possible obs: 79.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.57 % / Rsym value: 0.155 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.06→3.1 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 417 / Rsym value: 0.421 / % possible all: 94.6
反射
*PLUS
最低解像度: 17 Å / Rmerge(I) obs: 0.155
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.6 % / Num. unique obs: 7975 / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology model based on all available cleaved serpin structures

解像度: 3.06→16.89 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Bulk solvent correction, strict NCS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 505 -Random
Rwork0.232 ---
all-11124 --
obs-9419 79.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.06→16.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5074 0 0 0 5074
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.41895
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008035
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.3 % / Rfactor obs: 0.232
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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