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- PDB-1ji3: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST THERMOSTABLE BACTERIAL LIPASE FROM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ji3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST THERMOSTABLE BACTERIAL LIPASE FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS
要素lipase
キーワードHYDROLASE / LIPASE / metal-binding / thermophilic
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / lipid catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
triacylglycerol lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tyndall, J.D.A. / Sinchaikul, S. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Taylor, P. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of a Thermostable Lipase from Bacillus stearothermophilus P1
著者: Tyndall, J.D.A. / Sinchaikul, S. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Taylor, P. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2001年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lipase
B: lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8316
ポリマ－86,6202
非ポリマー2114
水6,251347
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.500, 81.237, 99.782
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.33, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 lipase / E.C.3.1.1.3


分子量: 43310.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
Variant: P1 / プラスミド: pQE-60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15[pREP4] / 参照: UniProt: Q9L6D3, triacylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: Hepes, ammonium sulphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 290K
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 詳細: Sinchaikul, S., (2002) Acta Crystallogr., D58, 182.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 %satammonium sulfate1reservoir
20.1 MHEPES1reservoirpH6.8-7.0
315 mg/mlprotein1drop
420 mMTris-HCl1droppH8.5

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSRS PX14.111.48
シンクロトロンSRS PX9.521.2
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2001年2月4日
MARRESEARCH2CCD2001年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.481
21.21
反射解像度: 2.2→24 Å / Num. all: 47208 / Num. obs: 47208 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.51 % / Biso Wilson estimate: 29.729 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 11.15
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 4.16 / Num. unique all: 2180 / % possible all: 91.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 211130 / Rmerge(I) obs: 0.106
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.9 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 4.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 2395 5.1 %RANDOM
Rwork0.166 ---
all0.1689 44812 --
obs0.1689 44812 98.66 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6119 0 4 347 6470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.00562870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.42785531.9
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.00271790
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1428990.2
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4537743
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined19.677101015
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.27715130.4
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1748520.5
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.234170.5
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.32238391.5
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4361492
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.82324483
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.17724044.5
LS精密化 シェル最高解像度: 2.2 Å / Rfactor Rfree: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.1
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.1689 / Rfactor Rfree: 0.217 / Rfactor Rwork: 0.166
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.256
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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