[日本語] English
万見
- PDB-1jgg: Even-skipped Homeodomain Complexed to AT-rich DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jgg
タイトルEven-skipped Homeodomain Complexed to AT-rich DNA
要素
  • 5'-D(P*AP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*A)-3'
  • 5'-D(P*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*T)-3'
  • Segmentation Protein Even-Skipped
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / EVEN-SKIPPED / HOMEODOMAIN / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cephalic furrow formation / germ-band extension / blastoderm segmentation / regulation of myoblast fusion / periodic partitioning by pair rule gene / negative regulation of cardioblast cell fate specification / posterior head segmentation / trunk segmentation / adult heart development / motor neuron axon guidance ...cephalic furrow formation / germ-band extension / blastoderm segmentation / regulation of myoblast fusion / periodic partitioning by pair rule gene / negative regulation of cardioblast cell fate specification / posterior head segmentation / trunk segmentation / adult heart development / motor neuron axon guidance / regulation of axonogenesis / heart morphogenesis / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...: / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Segmentation protein even-skipped
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Hirsch, J.A. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1995
タイトル: Structure of the even-skipped homeodomain complexed to AT-rich DNA: new perspectives on homeodomain specificity.
著者: Hirsch, J.A. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2001年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: 5'-D(P*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*T)-3'
D: 5'-D(P*AP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*A)-3'
A: Segmentation Protein Even-Skipped
B: Segmentation Protein Even-Skipped


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1874
ポリマ－21,1874
非ポリマー00
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.060, 61.610, 39.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(P*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*T)-3'


分子量: 3058.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(P*AP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*A)-3'


分子量: 3027.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Segmentation Protein Even-Skipped


分子量: 7550.718 Da / 分子数: 2 / Fragment: Homeodomain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06602
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: sodium acetate, potassium chloride, DTT, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium acetate11
2potassium chloride11
3DTT11
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Hirsch, J.A., (1995) Proteins, 21, 268. / PH range low: 6.4 / PH range high: 5.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17-15 %1reservoir
24 Macetate acid1reservoir
33 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12831
22771
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A1
シンクロトロンNSLS X4A2
検出器
タイプID検出器
FUJI1IMAGE PLATE
FUJI2IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→15 Å / Num. all: 8613 / Num. obs: 8613 / % possible obs: 77.1 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Num. unique all: 837 / % possible all: 52.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 20689
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 52.4 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
RfactorSelection details
Rfree0.316 RANDOM
Rwork0.229 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1063 410 0 68 1541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.56
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.229
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.016

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る