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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jfm | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MURINE NK CELL LIGAND RAE-1 BETA | ||||||
![]() | retinoic acid early transcript beta | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / MURINE NK CELL LIGAND / RAE-1 BETA / NKG2D / MHC-I PLATFORM | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of immune response to tumor cell / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell lectin-like receptor binding / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of macrophage activation / cellular response to exogenous dsRNA / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process ...positive regulation of immune response to tumor cell / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell lectin-like receptor binding / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of macrophage activation / cellular response to exogenous dsRNA / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of type II interferon production / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to bacterium / immune response / external side of plasma membrane / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, P. / Strong, R.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of RAE-1beta and its complex with the activating immunoreceptor NKG2D. 著者: Li, P. / McDermott, G. / Strong, R.K. #1: ![]() タイトル: Retinoic Acid Early Inducible Genes Define a Ligand 2 Activating Nkg2D Receptor in Mouse 著者: CERWENKA, A. / BAKKER, A.B. / MCCLANHAN, T. / WAGNER, J. / WU, J. / PHILLIPS, J.H. / LANIER, L.L. #2: ![]() タイトル: Ligands for the Murine Nkg2D Receptor:Expression by Tumor cells and Macrophages 著者: DIEFENBACH, A. / JAMIESON, A.M. / LIU, S.D. / SHASTRI, N. / RAULET, D.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 160.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 396.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20043.744 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.5 % / 解説: MIR WITH 5 FOLD NCS AVERAGING | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 30% PEG400 + 375mM (NH4)2SO4, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月16日 / 詳細: DOUBLE CRYSTAL | |||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.85→25 Å / Num. all: 38675 / Num. obs: 37491 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.37 % / Biso Wilson estimate: 88.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 37.5 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1899 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 100 | |||||||||
反射 | *PLUS Num. obs: 38675 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.079 | |||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 2.85→24.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 283690.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.82 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 89 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→24.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.6 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 89 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.403 / % reflection Rfree: 7.8 % / Rfactor Rwork: 0.398 |