分子量: 1402.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: the parent peptide IWGCSGKLICTTA occurs naturally in HIV gp41 glycoprotein
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実験情報
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実験
実験
手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-ID
Experiment-ID
Solution-ID
タイプ
1
1
1
2D NOESY
1
2
1
DQF-COSY
1
3
1
TOCSY
NMR実験の詳細
Text: Typical 2D ho;onuclear techniques were applied. Different NOESY experiment with different mixing times (from 80ms to 800ms) were recorded in order to determine the best conditions without spin diffusion.
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試料調製
詳細
内容: 3mMpeptide in 500ul solvent / 溶媒系: 100% DMSO-D6
試料状態
圧: atmospheric atm / 温度: 298 K
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NMR測定
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長
相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ
製造業者
モデル
磁場強度 (MHz)
Spectrometer-ID
Bruker AVANCE
Bruker
AVANCE
400
1
Bruker AVANCE
Bruker
AVANCE
600
2
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
XwinNMR
2.6
BrukerGMBH
collection
XwinNMR
2.6
BrukerGMBH
解析
XEASY
1.2
Bartels C., Xia T., Billeter M., Guentert P and Wuethrich K. (1995) J. Biomol.NMR, 5, 1-10
データ解析
DYANA
1.5
Guentert P., Mumenthaler C. and Wuethrich K. (1997) J.Mol.Biol., 273,283-298
精密化
Discover
3
MSI, SanDiego
精密化
精密化
手法: torsion angle dynamics, energy minimization, molecular dynamics ソフトェア番号: 1 詳細: 50 initial random strucutre were generated using DYANA software, followed by 500 steps energy minimization. Then using DISCOVER 3 35 ps MD in vacuo at 300K, 200 steps energy minimization ...詳細: 50 initial random strucutre were generated using DYANA software, followed by 500 steps energy minimization. Then using DISCOVER 3 35 ps MD in vacuo at 300K, 200 steps energy minimization under NMR restraints and 750 steps conjugate gradient EM.
代表構造
選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25