PDB-1p79: Crystal structure of a bulged RNA tetraplex: implications for a n...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1p79

タイトル

Crystal structure of a bulged RNA tetraplex: implications for a novel binding site in RNA tetraplex

要素

5'-R(*UP*GP*UP*GP*GP*U)-3'

キーワード

RNA / TETRAPLEX / BULGE

機能・相同性

: / RNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Pan, B. / Xiong, Y. / Shi, K. / Sundaralingam, M.

引用

ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of a Bulged RNA Tetraplex at 1.1 A Resolution: Implications for a Novel Binding Site in RNA Tetraplex
著者: Pan, B. / Xiong, Y. / Shi, K. / Sundaralingam, M.

履歴

登録	2003年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1p79.cif.gz	20.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1p79.ent.gz	13.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1p79.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1p79_validation.pdf.gz	368.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1p79_full_validation.pdf.gz	368.4 KB	表示
XML形式データ	1p79_validation.xml.gz	1.8 KB	表示
CIF形式データ	1p79_validation.cif.gz	2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p79	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ytp-d 6hah-d 2jmv-d 2ra2-2 2m2f-d 1c5a-d 2nc2-d 2gqc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 5'-R(*UP*GP*UP*GP*GP*U)-3'

ヘテロ分子

2.03 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5'-R(*UP*GP*UP*GP*GP*U)-3'

ヘテロ分子

A: 5'-R(*UP*GP*UP*GP*GP*U)-3'

ヘテロ分子

A: 5'-R(*UP*GP*UP*GP*GP*U)-3'

ヘテロ分子

A: 5'-R(*UP*GP*UP*GP*GP*U)-3'

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
8.11 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.014, 35.014, 22.257
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- K
2	1	A-202- K
3	1	A-203- K
4	1	A-115- HOH

#1: RNA鎖	5'-R(UPGPUPGPGPU)-3' 分子量: 1909.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.15 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: spermine, potassium chloride, MPD, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	spermine	1	1
2	potassium chloride	1	1
3	MPD	1	1
4	cacodylate	1	1
5	potassium chloride	1	2
6	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	40 mM	sodium cacodylate	1	drop	pH6.0
2	12 mM	spermine tetrahydrochloride	1	drop
3	80 mM		1	drop		KCl
4	10 %(v/v)	MPD	1	drop
5	50 mM		1	drop		KCl
6	10 %		1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.8985 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月20日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8985 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→16.55 Å / Num. obs: 5690 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20 % / R_sym value: 0.037 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 1.1→1.14 Å / Num. unique all: 770 / R_sym value: 0.088 / % possible all: 71.9
反射	PLUS 最高解像度: 1.1 Å / Num. obs: 10280 / Num. measured all: 206863 / R_merge(I) obs*: 0.037
反射シェル	PLUS % possible obs: 71.9 % / R_merge(I) obs*: 0.088

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.1→16.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 0.242 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: extra hydrogen on G 2 of chain A was removed. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.13607	308	5.4 %	RANDOM
R_work	0.12678	-	-	-
obs	0.12733	5382	94.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 6.497 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→16.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	162	3	90	255

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	120
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	43
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.607	3	185
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.098	3	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.032	0.02	54
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.412	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.096	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.752	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.346	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.099	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.539	3	120
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.065	4.5	185
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.855	2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	8.627	5	34
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.673	5	108

LS精密化シェル

解像度: 1.1→1.16 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.11	34
R_work	0.08	589

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5167	-7.7103	-1.6781	13.3656	1.6189	2.9291	-0.2282	-0.0859	-0.1832	0.4605	0.0497	0.277	0.0653	0.0304	0.1785	0.0361	-0.0059	0.0132	0.0324	0.006	0.0366	-0.0982	10.3353	15.1683
2	0.4839	0.4766	-2.7451	-0.3991	0.2026	2.7114	-0.0288	-0.1647	-0.0958	0.0104	0.0519	-0.0009	-0.0217	0.1488	-0.0231	0.02	0.0118	0.0023	0.0356	0.0102	0.0516	5.6192	8.1764	10.4529
3	0.263	-1.1272	1.0395	3.5081	0.9104	1.8102	0.0626	-0.0562	-0.1662	0.0358	-0.0106	0.0311	-0.0097	-0.0711	-0.0519	0.0283	-0.0045	-0.0002	0.0254	0.0063	0.049	-1.6795	10.3174	9.7291
4	1.9688	-1.1506	1.0395	3.0488	-0.6342	0.8431	-0.0157	0.1175	-0.1307	-0.0534	0.0895	0.1638	-0.0246	0.0263	-0.0738	0.0324	-0.0015	-0.0055	0.0291	-0.0096	0.0385	-4.7866	11.7248	6.1916
5	6.2675	3.1361	-0.6311	1.4096	-2.333	1.2765	-0.0291	0.306	-0.2125	-0.3654	-0.0874	-0.206	0.0642	-0.0048	0.1166	0.0475	-0.0039	-0.0004	0.0392	-0.0301	0.0233	-2.4163	10.8962	2.7258

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2	2
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	3	3
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	4	4
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	5	5
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	6	6

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.1 Å / 最低解像度: 20 Å / R_factor R_free: 0.136 / R_factor R_work: 0.127

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.6

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