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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jbd | |||||||||
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タイトル | NMR Structure of the Complex Between alpha-bungarotoxin and a Mimotope of the Nicotinic Acetylcholine Receptor | |||||||||
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![]() | TOXIN / ALPHA-BUNGAROTOXIN / PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX / ACHR | |||||||||
機能・相同性 | ![]() acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | |||||||||
Model type details | minimized average | |||||||||
![]() | Scarselli, M. / Spiga, O. / Ciutti, A. / Bracci, L. / Lelli, B. / Lozzi, L. / Calamandrei, D. / Bernini, A. / Di Maro, D. / Klein, S. / Niccolai, N. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: NMR structure of alpha-bungarotoxin free and bound to a mimotope of the nicotinic acetylcholine receptor. 著者: Scarselli, M. / Spiga, O. / Ciutti, A. / Bernini, A. / Bracci, L. / Lelli, B. / Lozzi, L. / Calamandrei, D. / Di Maro, D. / Klein, S. / Niccolai, N. #1: ![]() タイトル: Peptide-protein interactions studied by surface plasmon and nuclear magnetic resonances 著者: Spiga, O. / Bernini, A. / Scarselli, M. / Ciutti, A. / Bracci, L. / Lozzi, L. / Lelli, B. / Di Maro, D. / Calamandrei, D. / Niccolai, N. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8005.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Secretion: venom / 参照: UniProt: P60615 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1843.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: this peptide was chemically synthesized |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D NOESY |
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試料調製
詳細 | 内容: 0.5MM ALPHA-BUNGAROTOXIN; 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | pH: 5.67 / 圧: ambient / 温度: 300 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: the structures are based on a total of 1606 restraints, 1475 are intra-molecular protein NOEs (759 long-range protein NOEs), 74 intra-molecular peptide NOEs (27 long-range peptide NOEs), 57 ...詳細: the structures are based on a total of 1606 restraints, 1475 are intra-molecular protein NOEs (759 long-range protein NOEs), 74 intra-molecular peptide NOEs (27 long-range peptide NOEs), 57 intermolecular protein-peptide restraints. | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |