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- PDB-1jb6: Crystal Structure of Dimerization Domain (1-33) of HNF-1alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jb6
タイトルCrystal Structure of Dimerization Domain (1-33) of HNF-1alpha
要素HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA
キーワードTRANSCRIPTION / Four-helix bundle / non-canonical turn
機能・相同性
機能・相同性情報


paraxial mesoderm formation / apoptotic nuclear changes / regulation of NADP metabolic process / renal D-glucose absorption / regulation of hormone secretion / cellular response to rapamycin / reproductive structure development / bile acid biosynthetic process / cellular response to L-leucine / reverse cholesterol transport ...paraxial mesoderm formation / apoptotic nuclear changes / regulation of NADP metabolic process / renal D-glucose absorption / regulation of hormone secretion / cellular response to rapamycin / reproductive structure development / bile acid biosynthetic process / cellular response to L-leucine / reverse cholesterol transport / pronucleus / pancreas development / regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of miRNA processing / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of mitochondrial membrane potential / insulin secretion / heme biosynthetic process / bile acid and bile salt transport / positive regulation of ATP biosynthetic process / D-glucose import / blastocyst development / photoreceptor outer segment / bone resorption / fatty acid transport / response to glucose / cholesterol metabolic process / liver development / placenta development / cellular response to glucose stimulus / transcription coactivator binding / positive regulation of insulin secretion / fatty acid biosynthetic process / intracellular protein localization / glucose homeostasis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / response to oxidative stress / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hepatocyte nuclear factor 1, alpha isoform C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), alpha isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, beta isoform, C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal domain superfamily / Hepatocyte nuclear factor 1 / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), beta isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal / HNF-1, dimerization domain / HNF-1, POU-specific (POUs) atypical domain / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), N terminus ...Hepatocyte nuclear factor 1, alpha isoform C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), alpha isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, beta isoform, C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal domain superfamily / Hepatocyte nuclear factor 1 / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), beta isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal / HNF-1, dimerization domain / HNF-1, POU-specific (POUs) atypical domain / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), N terminus / POU-specific (POUs) atypical domain profile. / HNF-1 dimerization (HNF-p1) domain profile. / 'Homeobox' domain signature. / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatocyte nuclear factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Narayana, N. / Hua, Q.-X. / Weiss, M.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The dimerization domain of HNF-1alpha: structure and plasticity of an intertwined four-helix bundle with application to diabetes mellitus.
著者: Narayana, N. / Hua, Q. / Weiss, M.A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Diabetes-Associated Mutations in a beta-Cell Transcription factor Destabilize an Antiparallel "Mini-Zipper" in a Dimerization Interface
著者: Hua, Q.X. / Zhao, M. / Narayana, N. / Nakagawa, S.H. / Jia, W. / Weiss, M.A.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structural Basis of Dimerization, Coactivator Recognition and MODY3 Mutations in HNF-1alpha
著者: Rose, R.B. / Bayle, J.H. / Endrizzi, J.A. / Cronk, J.D. / Crabtree, G.R. / Alber, T.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: High-Resolution Structure of the HNF-1alpha Dimerization Domain
著者: Rose, R.B. / Endrizzi, J.A. / Cronk, J.D. / Holton, J. / Alber, T.
#4: ジャーナル: BIO*ESSAYS / 年: 1992
タイトル: HNF1, A Homeoprotein Member of the Hepatic Transcription Regulatory Network
著者: Tronche, F. / Yaniv, M.
#5: ジャーナル: DIABETES METAB. / 年: 1997
タイトル: Maturity-onset Diabetes of the Young (MODY), MODY Genes and Non-Insulin-Dependent Diabetes mellitus
著者: Velho, G. / Froguel, P.
履歴
登録2001年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA
B: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2402
ポリマ－7,2402
非ポリマー00
水99155
1
A: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA

A: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2402
ポリマ－7,2402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area5090 Å2
手法PISA
2
B: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA

B: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2402
ポリマ－7,2402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area4210 Å2
手法PISA
3
A: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA
B: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA

A: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA
B: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4804
ポリマ－14,4804
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area8110 Å2
手法PISA
4
A: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA
B: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA

A: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA
B: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA

A: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA
B: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA

A: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA
B: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9608
ポリマ－28,9608
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,-y,z-11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)28.42, 42.19, 42.43
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細There are two independent molecules in the asymmetric unit. For each molecule, a crystallographic 2-fold axis generates the biological dimer.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA / HNF-1A


分子量: 3620.056 Da / 分子数: 2 / 断片: Dimerization domain (residues 1-32) / 由来タイプ: 合成
詳細: This peptide was chemically synthesized. The sequence of this peptide occurs naturally in Mus musculus (mouse) as well as in Homo sapiens (humans).
参照: UniProt: P22361
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MPD, Tris-HCl, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13 mMpeptide1drop
250 mMTris-HCl1drop
32 mMdithiothreitol1drop
420 %(v/v)MPD1reservoir
550 mMTris-HCl1reservoir
61 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794, 0.9800, 1.0030
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal Silicon / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.981
31.0031
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 5922 / Num. obs: 5245 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 6 % / Rsym value: 0.037
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 5 % / Num. unique all: 584 / Rsym value: 0.024

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
d*TREK(D*TREK)データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→40 Å / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 296 -Random
Rwork0.231 ---
all-5922 --
obs-5245 88 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数457 0 0 55 512
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.8
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.78 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 28 -
Rwork0.22 --
obs-447 77 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / σ(F): 3 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.231
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.262 / Rfactor Rwork: 0.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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