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万見
- PDB-1ja1: CYPOR-Triple Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ja1
タイトルCYPOR-Triple Mutant
要素NADPH-Cytochrome P450 Reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADPH-Cytochrome P450 Reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


iron-cytochrome-c reductase activity / positive regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / positive regulation of steroid hormone biosynthetic process / nitrate catabolic process / demethylation / organofluorine metabolic process / carnitine metabolic process / nitric oxide dioxygenase [NAD(P)H] activity / cellular response to gonadotropin stimulus / nitric oxide catabolic process ...iron-cytochrome-c reductase activity / positive regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / positive regulation of steroid hormone biosynthetic process / nitrate catabolic process / demethylation / organofluorine metabolic process / carnitine metabolic process / nitric oxide dioxygenase [NAD(P)H] activity / cellular response to gonadotropin stimulus / nitric oxide catabolic process / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / positive regulation of chondrocyte differentiation / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / positive regulation of smoothened signaling pathway / cellular response to peptide hormone stimulus / response to dexamethasone / fatty acid oxidation / nitric oxide biosynthetic process / response to hormone / response to nutrient / electron transport chain / enzyme activator activity / NADP binding / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / response to xenobiotic stimulus / hydrolase activity / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3 / NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3 / NADPH-cytochrome P450 reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Flavodoxin domain / Translation factors / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 ...NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3 / NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3 / NADPH-cytochrome P450 reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Flavodoxin domain / Translation factors / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH--cytochrome P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hubbard, P.A. / Shen, A.L. / Paschke, R. / Kasper, C.B. / Kim, J.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: NADPH-cytochrome P450 oxidoreductase. Structural basis for hydride and electron transfer.
著者: Hubbard, P.A. / Shen, A.L. / Paschke, R. / Kasper, C.B. / Kim, J.J.
履歴
登録2001年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH-Cytochrome P450 Reductase
B: NADPH-Cytochrome P450 Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,4729
ポリマ－141,2632
非ポリマー4,2097
水20,2851126
1
A: NADPH-Cytochrome P450 Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6174
ポリマ－70,6311
非ポリマー1,9853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NADPH-Cytochrome P450 Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8555
ポリマ－70,6311
非ポリマー2,2244
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.437, 115.159, 118.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NADPH-Cytochrome P450 Reductase / NADPH-Cytochrome P450 Oxidoreductase


分子量: 70631.391 Da / 分子数: 2 / 変異: S457A/C630A/D675N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: CYPOR / プラスミド: pOR263 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C1A / 参照: UniProt: P00388, NADPH-hemoprotein reductase

-
非ポリマー , 5種, 1133分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, Hepes, Sodium Acetate, NADP+, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
118 %PEG40001reservoir
2150 mMHEPES1reservoirpH7.0
3150 mM1reservoirNaAc
550 mMHEPES1droppH7.0
60.1 mMEDTA1drop
70.1 mMdithiothreitol1drop
820 mg/mlprotein1drop
4NADP+1reservoir2-fold molar excess of

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: bent conical Si-mirror (Rh coating) + bent cylindrical Ge(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 129222 / Num. obs: 120472 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Limit h max: 56 / Limit h min: 0 / Limit k max: 64 / Limit k min: 0 / Limit l max: 65 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 473892.21 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 34.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 4536 / Rsym value: 0.285 / % possible all: 70.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 1504516
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB Entry 1AMO

1amo


解像度: 1.8→29.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 6070 5.1 %random
Rwork0.208 ---
all-128789 --
obs-120162 93.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 42.1015 Å2 / ksol: 0.330899 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 100.1 Å2 / Biso mean: 34.95 Å2 / Biso min: 9.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.46 Å20 Å20 Å2
2---4.37 Å20 Å2
3---7.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.3 Å
Luzzati d res high-1.8
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9846 0 279 1126 11251
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg3.14
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8-1.880.3385813.60.338114110.014160051199274.9
1.88-1.980.2927184.50.292135120.011159391423089.3
1.98-2.110.2377354.60.237142540.009160111498993.6
2.11-2.270.2257744.80.226143800.008159951515494.7
2.27-2.50.2127864.90.212145990.008160341538596
2.5-2.860.20480950.204150800.007161061588998.6
2.86-3.60.1978365.20.197152800.007162291611699.3
3.6-29.160.17383150.173155760.006166241640798.7
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor obs: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.338 / % reflection Rfree: 3.6 % / Rfactor Rwork: 0.338

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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