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- PDB-1j8d: Structure Of the metal-free form of the deoxy-D-mannose-octuloson... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j8d
タイトルStructure Of the metal-free form of the deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase (YrbI) From Haemophilus Influenzae (HI1679)
要素deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
キーワードHYDROLASE / HI1679 / structural genomics / KDO 8-P phosphatase / Structure 2 Function Project / S2F
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase / 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
KdsC family / : / HAD-superfamily hydrolase,subfamily IIIA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase KdsC
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae Rd (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lim, K. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2002
タイトル: From structure to function: YrbI from Haemophilus influenzae (HI1679) is a phosphatase.
著者: Parsons, J.F. / Lim, K. / Tempczyk, A. / Krajewski, W. / Eisenstein, E. / Herzberg, O.
履歴
登録2001年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 400COMPOUND THE FUNCTION OF THE PROTEIN WAS ASSIGNED INDEPENDENTLY BY THE WOODARD GROUP: ESCHERICHIA ...COMPOUND THE FUNCTION OF THE PROTEIN WAS ASSIGNED INDEPENDENTLY BY THE WOODARD GROUP: ESCHERICHIA COLI YRBI IS 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE PHOSPHATASE, WU J, WOODARD RW; J BIOL CHEM. 2003 278:18117-2.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
B: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
C: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
D: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2265
ポリマ－79,1344
非ポリマー921
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9390 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area23960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.77, 132.30, 140.97
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質
deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase / YRBI / KDO 8-P Phosphatase / HI1679


分子量: 19783.549 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd (インフルエンザ菌)
生物種: Haemophilus influenzae / 株: KW20 / 遺伝子: HI1679 / プラスミド: pDEST14-HI1679 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: P45314, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: protein (10 mg/ml) in 10mM NaHepes, pH 7.5, 1mM EDTA, 1mM DTT; crystallization in 22% polyethylene glycol 4000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M Lithium sulfate. Glycerol added as cryoprotectant., pH 8. ...詳細: protein (10 mg/ml) in 10mM NaHepes, pH 7.5, 1mM EDTA, 1mM DTT; crystallization in 22% polyethylene glycol 4000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M Lithium sulfate. Glycerol added as cryoprotectant., pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 36 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
122 %(w/v)PEG40001reservoir
20.2 M1reservoirLi2SO4
30.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5
429 mg/mlprotein1drop
510 mMHEPES1droppH7.5
650 mM1NaCl
71 mMEDTA1drop
81 mMdithiothreitol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9790, 0.9787, 0.9500
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97871
30.951
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 28788 / Num. obs: 28788 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Num. unique all: 3494 / % possible all: 95.9
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 158161
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.4 Å / % possible obs: 95.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
CNS精密化
SHELX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1581 5.9 %random
Rwork0.176 ---
all-27928 --
obs-26906 --
原子変位パラメータBiso mean: 34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5448 0 6 259 5713
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.302 -
Rwork0.198 -
obs-95.7 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5.9 % / Rfactor obs: 0.176
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 34 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.6
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.302 / Rfactor Rwork: 0.198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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