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- PDB-1j7g: Structure of YihZ from Haemophilus influenzae (HI0670), a D-Tyr-t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j7g
タイトルStructure of YihZ from Haemophilus influenzae (HI0670), a D-Tyr-tRNA(Tyr) deacylase
要素D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
キーワードHYDROLASE / D-Tyr-tRNA(Tyr) deacylase / structural genomics / hypothetical protein / Structure 2 Function Project / S2F
機能・相同性
機能・相同性情報


Ser(Gly)-tRNA(Ala) hydrolase activity / Gly-tRNA(Ala) deacylase activity / D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase activity / D-aminoacyl-tRNA deacylase / tRNA metabolic process / D-amino acid catabolic process / tRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-aminoacyl-tRNA deacylase DTD / D-Tyr-tRNA(Tyr) deacylase / D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase / D-aminoacyl-tRNA deacylase-like superfamily / D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-aminoacyl-tRNA deacylase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAS / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Lim, K. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: A Catalytic Mechanism for D-Tyr-tRNATyr Deacylase Based on the Crystal Structure of Hemophilus influenzae HI0670
著者: Lim, K. / Tempczyk, A. / Bonander, N. / Toedt, J. / Howard, A. / Einsenstein, E. / Herzberg, O.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Functional Characterization of the D-Tyr-tRNA(Tyr) Deacylase from Escherichia coli
著者: Soutourina, J. / Plateau, P. / Delort, F. / Peirotes, A. / Blanquet, S.
履歴
登録2001年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8791
ポリマ－15,8791
非ポリマー00
水3,729207
1
A: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase

A: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7582
ポリマ－31,7582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12500 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.47, 55.47, 128.75
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase


分子量: 15879.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
生物種: Haemophilus influenzae / 株: Kw20 / 遺伝子: HI0670 / プラスミド: pET15b-HI0670 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P44814, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.55 %
結晶化温度: 277 K
手法: crystal formed during dialysis of protein (2.8mg/ml)
pH: 7.5
詳細: 50 mM Tris, 0.1 mM DTT, 0.1 mM EDTA, pH 7.5, crystal formed during dialysis of protein (2.8mg/ml), temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
13 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1reservoirpH7.5
30.1 mMdithiothreitol1reservoir
40.1 mMEDTA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. all: 25510 / Num. obs: 25510 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.64→1.71 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 352028
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
CNS精密化
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: SAS / 解像度: 1.64→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.22 1352 Random
Rwork0.194 --
all-23531 -
obs-23308 -
原子変位パラメータBiso mean: 27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1115 0 0 207 1322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.71 Å / Rfactor Rfree: 0.276 / Rfactor Rwork: 0.238
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.277 / Rfactor Rwork: 0.237

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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