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万見
- PDB-1j5y: Crystal structure of transcriptional regulator (TM1602) from Ther... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j5y
タイトルCrystal structure of transcriptional regulator (TM1602) from Thermotoga maritima at 2.3 A resolution
要素TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, BIOTIN REPRESSOR FAMILY
キーワードTRANSCRIPTION / STRUCTURAL GENOMICS / TM1602 / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / BIOTIN REPRESSOR FAMILY / JCSG / CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
3H domain / 3H domain / Transcription repressor NadR / 3H domain superfamily / 3H domain / Helix-turn-helix, type 11 / HTH domain / Histidine-containing Protein; Chain: A; / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...3H domain / 3H domain / Transcription repressor NadR / 3H domain superfamily / 3H domain / Helix-turn-helix, type 11 / HTH domain / Histidine-containing Protein; Chain: A; / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICKEL (II) ION / Probable transcription repressor NiaR
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of a transcription regulator (TM1602) from Thermotoga maritima at 2.3 A resolution.
著者: Weekes, D. / Miller, M.D. / Krishna, S.S. / McMullan, D. / McPhillips, T.M. / Acosta, C. / Canaves, J.M. / Elsliger, M.A. / Floyd, R. / Grzechnik, S.K. / Jaroszewski, L. / Klock, H.E. / ...著者: Weekes, D. / Miller, M.D. / Krishna, S.S. / McMullan, D. / McPhillips, T.M. / Acosta, C. / Canaves, J.M. / Elsliger, M.A. / Floyd, R. / Grzechnik, S.K. / Jaroszewski, L. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kovarik, J.S. / Kreusch, A. / Morse, A.T. / Quijano, K. / Spraggon, G. / van den Bedem, H. / Wolf, G. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2002年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.42023年1月25日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 600HETEROGEN NI assigned based on electron density and coordination, potassium ion based on electron ...HETEROGEN NI assigned based on electron density and coordination, potassium ion based on electron density and environment.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, BIOTIN REPRESSOR FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4713
ポリマ－21,3741
非ポリマー982
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, BIOTIN REPRESSOR FAMILY
ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, BIOTIN REPRESSOR FAMILY
ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, BIOTIN REPRESSOR FAMILY
ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, BIOTIN REPRESSOR FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,88612
ポリマ－85,4954
非ポリマー3918
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area13050 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area30020 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)90.9566, 90.9566, 90.9566
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number195
Space group name H-MP23

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, BIOTIN REPRESSOR FAMILY


分子量: 21373.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM1602 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1T8
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.25 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 0.8 M NaH2PO4/0.8 M KH2PO4, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 293K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162, 0.979105, 0.979445
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月8日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911621
20.9791051
30.9794451
反射解像度: 2.3→40.677 Å / Num. obs: 11360 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 39.1 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.324 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4データ削減
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
立体化学のターゲット値: STANDARD CNS DICTIONARY/ENGH AND HUBER
詳細: POOR ELECTRON DENSITY (BROKEN 2FO-FC DENSITY AT THE 1 SIGMA LEVEL AND SOME NEGATIVE FO-FC DENSITY AT THE 3 SIGMA LEVEL) INDICATE THAT THE SIDECHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES MAY BE MORE ...詳細: POOR ELECTRON DENSITY (BROKEN 2FO-FC DENSITY AT THE 1 SIGMA LEVEL AND SOME NEGATIVE FO-FC DENSITY AT THE 3 SIGMA LEVEL) INDICATE THAT THE SIDECHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES MAY BE MORE DISORDERED THAN INDICATED BY THEIR B-FACTORS: GLN-8, GLU-9, ARG-20, GLU-23, ARG-112, GLU- 136, GLU-156, AND GLU-173. NO ELECTRON DENSITY WAS OBSERVED FOR SIDECHAIN ATOMS BEYOND CB FOR LYS-134. THESE ATOMS WERE GIVEN AN OCCUPANCY OF ZERO.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 574 5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 11136 99.9 %-
all-11409 --
溶媒の処理溶媒モデル: BULK SOLVENT CORRECTION / Bsol: 34.42 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error6 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1347 0 2 97 1446
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.47
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.361.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2082
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.982.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2693 48 4.9 %
Rwork0.2175 928 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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