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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j56 | ||||||
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タイトル | MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE OF BERYLLOFLUORIDE-ACTIVATED NTRC RECEIVER DOMAIN: MODEL STRUCTURE INCORPORATING ACTIVE SITE CONTACTS | ||||||
要素 | NITROGEN REGULATION PROTEIN NR(I) | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / two component signal transduction / receiver domain / BeF3 / phosphorylation / Bacterial nitrogen regulatory protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of nitrogen utilization / nitrogen fixation / phosphorelay response regulator activity / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / distance geometry, torsion angle dynamics, simulated annealing, ENERGY MINIMIZATION | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
データ登録者 | Hastings, C.A. / Lee, S.-Y. / Cho, H.S. / Yan, D. / Kustu, S. / Wemmer, D.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: High-Resolution Solution Structure of the Beryllofluoride-Activated NtrC Receiver Domain 著者: Hastings, C.A. / Lee, S.-Y. / Cho, H.S. / Yan, D. / Kustu, S. / Wemmer, D.E. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: NMR STRUCTURE OF ACTIVATED CHEY 著者: Cho, H.S. / Lee, S.-Y. / Yan, D. / Pan, X. / Parkinson, J.S. / Kustu, S. / Wemmer, D.E. / Pelton, J.G. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ACTIVATED RESPONSE REGULATOR BOUND TO ITS TARGET 著者: Lee, S.-Y. / Cho, H.S. / Pelton, J.G. / Yan, D. / Henderson, R.K. / King, D.S. / Huang, L. / Kustu, S. / Berry, E.A. / Wemmer, D.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1j56.cif.gz | 50.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1j56.ent.gz | 35.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1j56.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1j56_validation.pdf.gz | 311.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1j56_full_validation.pdf.gz | 311.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1j56_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1j56_validation.cif.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/1j56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/1j56 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13636.604 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain: Receiver domain, Residues 1-124 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P41789 |
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#2: 化合物 | ChemComp-BEF / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE OF BERYLLOFLUORIDE-ACTIVATED NTRC RECEIVER DOMAIN: MODEL STRUCTURE INCORPORATING ACTIVE 3 SITE CONTACTS. |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry, torsion angle dynamics, simulated annealing, ENERGY MINIMIZATION ソフトェア番号: 1 詳細: 3 additional constraints from crystal structure of BeF3-activated CheY were used for structure calculation. | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |