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- PDB-1j4n: Crystal Structure of the AQP1 water channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j4n
タイトルCrystal Structure of the AQP1 water channel
要素AQUAPORIN 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CHANNEL PROTEIN / TRANSMEMBRANE HELICES
機能・相同性
機能・相同性情報


dense core granule membrane / Passive transport by Aquaporins / nitric oxide transmembrane transporter activity / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / cellular response to salt stress / renal water transport / carbon dioxide transmembrane transport / carbon dioxide transmembrane transporter activity / glycerol transmembrane transporter activity ...dense core granule membrane / Passive transport by Aquaporins / nitric oxide transmembrane transporter activity / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / cellular response to salt stress / renal water transport / carbon dioxide transmembrane transport / carbon dioxide transmembrane transporter activity / glycerol transmembrane transporter activity / water transmembrane transporter activity / positive regulation of saliva secretion / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / lateral ventricle development / glycerol transmembrane transport / cellular response to mercury ion / intracellular water homeostasis / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / transepithelial water transport / water transport / water channel activity / ammonium transmembrane transport / ankyrin-1 complex / ammonium channel activity / cellular homeostasis / cellular hyperosmotic response / hyperosmotic response / cell volume homeostasis / cGMP-mediated signaling / nitric oxide transport / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / brush border / transmembrane transporter activity / potassium channel activity / cellular response to retinoic acid / cellular response to copper ion / cellular response to cAMP / cellular response to dexamethasone stimulus / basal plasma membrane / carbon dioxide transport / brush border membrane / sarcolemma / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of angiogenesis / cellular response to UV / apical part of cell / basolateral plasma membrane / cellular response to hypoxia / nuclear membrane / apical plasma membrane / negative regulation of apoptotic process / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aquaporin 1 / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sui, H. / Han, B.-G. / Lee, J.K. / Walian, P. / Jap, B.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Structural basis of water-specific transport through the AQP1 water channel.
著者: Sui, H. / Han, B.G. / Lee, J.K. / Walian, P. / Jap, B.K.
履歴
登録2001年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AQUAPORIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7444
ポリマ－28,8241
非ポリマー9193
水2,054114
1
A: AQUAPORIN 1
ヘテロ分子

A: AQUAPORIN 1
ヘテロ分子

A: AQUAPORIN 1
ヘテロ分子

A: AQUAPORIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,97416
ポリマ－115,2984
非ポリマー3,67712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area16090 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area40130 Å2
手法PISA, PQS
2
A: AQUAPORIN 1
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,94832
ポリマ－230,5958
非ポリマー7,35324
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area35890 Å2
ΔGint-247 kcal/mol
Surface area76550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.331, 93.331, 180.49
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 AQUAPORIN 1 / AQP1 / Aquaporin-CHIP / Water channel protein for red blood cells and kidney proximal tubule


分子量: 28824.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: blood / 参照: UniProt: P47865
#2: 糖 ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.91 %
解説: Data collected at ALS was used for final data processing. Data collected at NSLS was used for initial data processing.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: PEG, monomethyl ether 550, Tris-HCl, NG, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sui, H., (2000) Acta Crystallogr., D56, 1198.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH7.5
320 %PEG550 MME1reservoir
410 mMTris-HCl1reservoirpH7.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンALS 5.0.211.0367
シンクロトロンNSLS X252
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0367 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→15 Å / Num. all: 20605 / Num. obs: 19626 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 42.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 41.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.58 / Num. unique all: 2450 / % possible all: 94.6
反射
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.3 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.582 / Mean I/σ(I) obs: 5.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.2→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 1235 6.8 %random
Rwork0.266 ---
all-20605 --
obs-18169 88.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 95.768 Å2 / ksol: 0.32175 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.98 Å20 Å20 Å2
2---2.98 Å20 Å2
3---5.96 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1852 0 63 114 2029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 160 6.5 %
Rwork0.36 2288 -
obs--72.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3BNG.para
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 15 Å / Rfactor obs: 0.266 / Rfactor Rfree: 0.308 / Rfactor Rwork: 0.266
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.94
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.393 / Rfactor Rwork: 0.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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