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万見
- PDB-1j48: Crystal Structure of Apo-C1027 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j48
タイトルCrystal Structure of Apo-C1027
要素Apoprotein of C1027
キーワードANTIBIOTIC / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to bacterium / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Neocarzinostatin-like / Neocarzinostatin family / Neocarzinostatin family / Neocarzinostatin-like / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antitumor antibiotic C-1027 apoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces globisporus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chen, Y. / Li, J. / Liu, Y. / Bartlam, M. / Gao, Y. / Jin, L. / Tang, H. / Shao, Y. / Zhen, Y. / Rao, Z.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Apo-C1027 and Computer Modeling Analysis of C1027 Chromophore- Protein Complex
著者: Chen, Y. / Li, J. / Liu, Y. / Bartlam, M. / Gao, Y. / Jin, L. / Tang, H. / Shao, Y. / Zhen, Y. / Rao, Z.
履歴
登録2001年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoprotein of C1027
B: Apoprotein of C1027


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0092
ポリマ－21,0092
非ポリマー00
水3,243180
1
A: Apoprotein of C1027


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5041
ポリマ－10,5041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Apoprotein of C1027


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5041
ポリマ－10,5041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.15, 55.15, 55.87
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Apoprotein of C1027 / ANTITUMOR ANTIBIOTIC C-1027 APOPROTEIN


分子量: 10504.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces globisporus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q06110
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: hanging drop/vapor diffusion / pH: 6.5
詳細: Ammonium sulfate, Cacodylic acid, pH 6.5, HANGING DROP/VAPOR DIFFUSION, temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / タイプ: SRS BEAMLINE / 波長: 0.9798
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 41467 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 14.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Num. unique all: 906 / % possible all: 87.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZO2000データ削減
SCALEPACK2000データスケーリング
O7モデル構築
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 1.8→500 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: CNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 1524 -
Rwork0.185 --
all-17627 -
obs-15445 87.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1462 0 0 180 1642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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