PDB-1j48: Crystal Structure of Apo-C1027

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1j48

タイトル

Crystal Structure of Apo-C1027

要素

Apoprotein of C1027

キーワード

ANTIBIOTIC / DNA-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response to bacterium / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces globisporus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chen, Y. / Li, J. / Liu, Y. / Bartlam, M. / Gao, Y. / Jin, L. / Tang, H. / Shao, Y. / Zhen, Y. / Rao, Z.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Apo-C1027 and Computer Modeling Analysis of C1027 Chromophore- Protein Complex
著者: Chen, Y. / Li, J. / Liu, Y. / Bartlam, M. / Gao, Y. / Jin, L. / Tang, H. / Shao, Y. / Zhen, Y. / Rao, Z.

履歴

登録	2001年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_sheet Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1j48.cif.gz	50.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1j48.ent.gz	36.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1j48.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/1j48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/1j48	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1acx-d 1noa-d 1prv-d 2g0k-d 1pru-d 1hdj-d 1wjc-d 2f4y-3 4haa-1 1bni-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Apoprotein of C1027

B: Apoprotein of C1027

21 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Apoprotein of C1027

登録者が定義した集合体
10.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Apoprotein of C1027

登録者が定義した集合体
10.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.15, 55.15, 55.87
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Apoprotein of C1027 / ANTITUMOR ANTIBIOTIC C-1027 APOPROTEIN 分子量: 10504.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces globisporus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q06110
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: hanging drop/vapor diffusion / pH: 6.5 詳細: Ammonium sulfate, Cacodylic acid, pH 6.5, HANGING DROP/VAPOR DIFFUSION, temperature 291.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 115 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / タイプ: SRS BEAMLINE / 波長: 0.9798
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 41467 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 14.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 3
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.65 / Num. unique all: 906 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO	2000	データ削減
SCALEPACK	2000	データスケーリング
O	7	モデル構築
CNS	1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

解像度: 1.8→500 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: CNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	1524	-
R_work	0.185	-	-
all	-	17627	-
obs	-	15445	87.6 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→500 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1462	0	0	180	1642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.014
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.73

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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