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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j35 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Ca(II)-bound Gla Domain of Factor IX Complexed with Binding Protein | ||||||
要素 |
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キーワード | Protein binding/Blood clotting / MAGNESIUM ION / CALCIUM ION / GLA DOMAIN / Protein binding-Blood clotting COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 coagulation factor IXa / zymogen activation / blood coagulation / signaling receptor activity / endopeptidase activity / toxin activity / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / magnesium ion binding ...coagulation factor IXa / zymogen activation / blood coagulation / signaling receptor activity / endopeptidase activity / toxin activity / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / magnesium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trimeresurus flavoviridis (ハブ) Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Shikamoto, Y. / Morita, T. / Fujimoto, Z. / Mizuno, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Crystal Structure of Mg2+- and Ca2+-bound Gla Domain of Factor IX Complexed with Binding Protein 著者: Shikamoto, Y. / Morita, T. / Fujimoto, Z. / Mizuno, H. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of an anticoagulant protein in complex with the Gla domain of factor X 著者: Mizuno, H. / Fujimoto, Z. / Atoda, H. / Morita, T. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of coagulation factor IX-binding protein from habu snake venom at 2.6 A: implication of central loop swapping based on deletion in the linker region 著者: Mizuno, H. / Fujimoto, Z. / Koizumi, M. / Kano, H. / Atoda, H. / Morita, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1j35.cif.gz | 87.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1j35.ent.gz | 64 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1j35.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1j35_validation.pdf.gz | 458.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1j35_full_validation.pdf.gz | 466.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1j35_validation.xml.gz | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1j35_validation.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/1j35 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/1j35 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14655.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trimeresurus flavoviridis (ハブ) / Secretion: venom / 参照: UniProt: P23806, UniProt: Q7LZ71*PLUS | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 14455.071 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trimeresurus flavoviridis (ハブ) / Secretion: venom / 参照: UniProt: P23807 | ||
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 6177.313 Da / 分子数: 1 / Fragment: GLA DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Secretion: plasma / 参照: UniProt: P00741, coagulation factor IXa | ||
#4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8 詳細: PEG 6000, Tris-HCl, calcium chloride, pH 8, MICROBATCH, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.72 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.72 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 27532 / Num. obs: 27532 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.252 / Num. unique all: 2639 / % possible all: 72.4 |
反射 | *PLUS % possible obs: 94 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1IOD 解像度: 1.8→19.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 445935.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.8158 Å2 / ksol: 0.321533 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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